gpModel.h

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// vi: set ts=2:
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//

#ifndef BALL_QSAR_GPMODEL_H
#define BALL_QSAR_GPMODEL_H

#ifndef BALL_QSAR_KERNELMODEL_H
#include <BALL/QSAR/kernelModel.h>
#endif

#ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
#include <BALL/QSAR/nonlinearModel.h>
#endif

namespace BALL
{
  namespace QSAR
  { 
    class BALL_EXPORT GPModel : public KernelModel
    {
      public:
        GPModel(const QSARData& q, int k_type, double p1, double p2=-1);
        
        GPModel(const QSARData& q, Eigen::VectorXd& w);
        
        GPModel(const QSARData& q, String s1, String s2);
        
        GPModel(const QSARData& q, const LinearModel& lm, int column);

        ~GPModel();

        EIGEN_MAKE_ALIGNED_OPERATOR_NEW
        
        void train();
        
        Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
        
        double calculateStdErr();
        
        void setParameters(vector<double>& v);
        
        vector<double> getParameters() const;
        
      private:
        Eigen::MatrixXd L_;
        
        Eigen::VectorXd input_;
        
        Eigen::RowVectorXd K_t_;
        
        double lambda_;
    };
  }
}

#endif // GPMODEL