allModel.h

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// vi: set ts=2:
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#ifndef BALL_QSAR_ALLMODEL_H
#define  BALL_QSAR_ALLMODEL_H

#ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
#include <BALL/QSAR/nonlinearModel.h>
#endif


namespace BALL
{
  namespace QSAR
  {

    class BALL_EXPORT ALLModel : public NonLinearModel
    {
      public:
        ALLModel(const QSARData& q, double kw=4);

        ~ALLModel();
        
        void setKw(double kw);
        
        virtual Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
        
        void train(){};
        
        virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps);
        
        double getKw();
        
        virtual void setParameters(vector<double>& v);
        
        virtual vector<double> getParameters() const;
        
        void saveToFile(string filename);
        
        void readFromFile(string filename);
        
        
      protected:
        
        virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd& dist, Eigen::VectorXd& w);
        
        void calculateXX(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
      
        void calculateXY(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
        
        void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::MatrixXd& output);
        
        
        double kw_;
        double lambda_;
    };
  }
}

#endif // ALLMODEL