- g -

• GAFFCESatomMatcher() : BALL::GAFFCESParser
• GAFFCESParser() : BALL::GAFFCESParser
• GAFFTypeProcessor() : BALL::GAFFTypeProcessor
• GAMESSDatFile() : BALL::GAMESSDatFile
• GAMESSLogFile() : BALL::GAMESSLogFile
• GBParameters() : BALL::GeneralizedBornModel::GBParameters
• GeneralException() : BALL::Exception::GeneralException
• GeneralizedBornModel() : BALL::GeneralizedBornModel
• generateAllAngles() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• generateAsymmetricUnit() : BALL::CrystalGenerator
• generateButtonClicked() : BALL::VIEW::PubChemDialog
• generateExternalSet() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::QSARData
• generateFromSMILES() : BALL::VIEW::PubChemDialog
• generateIlluminationTexture_() : BALL::VIEW::GLRenderer
• generateListViewItem_() : BALL::VIEW::GeometricControl , BALL::VIEW::MolecularControl
• generateModel() : BALL::QSAR::AutomaticModelCreator
• generateMoleculesVector() : BALL::PeriodicBoundary
• generatePacking() : BALL::CrystalGenerator
• generateSD() : BALL::SDGenerator
• generateSomeAngles() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• generateSymMoleculesWithinDistance() : BALL::CrystalGenerator
• generateUnitCell() : BALL::CrystalGenerator
• GenericControl() : BALL::VIEW::GenericControl
• GenericMolFile() : BALL::GenericMolFile
• GenericSelectionMessage() : BALL::VIEW::GenericSelectionMessage
• GeometricControl() : BALL::VIEW::GeometricControl
• GeometricFit() : BALL::GeometricFit
• GeometricFitDialog() : BALL::VIEW::GeometricFitDialog
• GeometricObject() : BALL::VIEW::GeometricObject
• GeometricObjectSelectionMessage() : BALL::VIEW::GeometricObjectSelectionMessage
• get() : BALL::TextPersistenceManager , BALL::TVector4< T > , BALL::TextPersistenceManager , BALL::SolventAccessibleSurface , BALL::SESComputer , BALL::TextPersistenceManager , BALL::Directory , BALL::VIEW::ColorHSV , BALL::TextPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorHSV , BALL::TextPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorHSV , BALL::VIEW::ColorRGBA , BALL::TextPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorRGBA , BALL::TextPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorRGBA , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorRGBA , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnit , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::XDRPersistenceManager , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::BitVector , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::HashGrid3< Item > , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::HashGrid3< Item > , BALL::VIEW::ColorUnitHue , BALL::VIEW::Hotkey , BALL::HashSet< Key > , BALL::List< Value > , BALL::Options , BALL::Quadruple< T1, T2, T3, T4 > , BALL::RegularExpression , BALL::String , BALL::StringHashMap< Value > , BALL::Triple< T1, T2, T3 > , BALL::ResourceEntry , BALL::Atom , BALL::AtomContainer , BALL::Chain , BALL::Molecule , BALL::NucleicAcid , BALL::Nucleotide , BALL::PDBAtom , BALL::Protein , BALL::Composite , BALL::Residue , BALL::SecondaryStructure , BALL::PersistenceManager , BALL::System , BALL::TAngle< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TAngle< T > , BALL::TCircle3< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TCircle3< T > , BALL::TLine3< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TLine3< T > , BALL::TMatrix4x4< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TMatrix4x4< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TMatrix4x4< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TPlane3< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TQuaternion< T > , BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::PersistenceManager , BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::PropertyManager , BALL::TSphere3< T > , BALL::Selectable , BALL::TSurface< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::TextPersistenceManager , BALL::TVector3< T > , BALL::TextPersistenceManager , BALL::TVector3< T > , BALL::TVector4< T >
• get3Prime() : BALL::NucleicAcid
• get5Prime() : BALL::NucleicAcid
• getabcFactors_() : BALL::PartialChargeProcessor
• getAbsIntegral() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getAcceptor() : BALL::HBondProcessor::HBond
• getAccuracyCV() : BALL::QSAR::ClassificationValidation
• getAccuracyInputTest() : BALL::QSAR::ClassificationValidation
• getAcidicColor() : BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor
• getActiveSitePoints() : BALL::BindingPocketProcessor
• getActivity() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::QSARData
• getAdditionalGridDistance() : BALL::VIEW::ColorProcessor
• getAdvancedColoringOptions_() : BALL::VIEW::DisplayProperties
• getAdvancedModelOptions_() : BALL::VIEW::DisplayProperties
• getAlgorithmOptions() : BALL::VIEW::DockDialog
• getAllItems_() : BALL::VIEW::MolecularControl
• getAllSmallRings() : BALL::RingPerceptionProcessor
• getAlpha() : BALL::LineSearch , BALL::VIEW::ColorRGBA
• getAlphaBlending() : BALL::VIEW::ColorMap
• getAlternateLocationIndicator() : BALL::PDBAtom
• getAmberConfigurationDialog() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getAmberFF() : BALL::VIEW::MolecularStructure
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• getAncestor() : BALL::Composite
• getAncestor_() : BALL::VIEW::PositionColorProcessor , BALL::VIEW::ChainColorProcessor , BALL::VIEW::MoleculeColorProcessor
• getAngle() : BALL::TQuaternion< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::ReducedSurface , BALL::RSEdge , BALL::SASEdge , BALL::VIEW::LightSource
• getAngle_() : BALL::TVector3< T >
• getAnimationPoints() : BALL::VIEW::Scene
• getAnimationSmoothness() : BALL::VIEW::Scene
• getArea() : BALL::TSurface< T >
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• getAromaticColor() : BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor
• getAromaticRings() : BALL::MMFF94
• getArrowWidth() : BALL::VIEW::AddCartoonModel
• getAtom() : BALL::AtomContainer , BALL::Chain , BALL::SecondaryStructure , BALL::Peak< PositionType > , BALL::NodeItem< Node, Edge > , BALL::RSVertex , BALL::SESVertex
• getAtomAreas() : BALL::NumericalSAS
• getAtomAveraging() : BALL::CreateSpectrumProcessor
• getAtomBranchDesignator() : BALL::PDBFile
• getAtomByName_() : BALL::Peptides::PeptideBuilder
• getAtomContainer() : BALL::AtomContainer , BALL::Chain , BALL::Nucleotide , BALL::Residue , BALL::AssignBondOrderProcessor
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• getAtomGrid() : BALL::VIEW::ColorProcessor
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• getAtomName() : BALL::PDBFile
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• getAttenuation_() : BALL::VIEW::LightSettings
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• getBALLToBMRBMapping() : BALL::NMRStarFile::BALLToBMRBMapper
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• getBasisSet() : BALL::GAMESSLogFile
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• getBends() : BALL::MMFF94StretchBend
• getBendType() : BALL::MMFF94StretchBend
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• getBitSet() : BALL::BitVector
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• getBondOrderString_() : BALL::VIEW::EditableScene
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• getBondTypeChar() : BALL::ConnectedToPredicate::CTPNode
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• getBorder() : BALL::TriangulatedSurface
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• getBoundAtom() : BALL::Bond
• getBoundingBox() : BALL::ReducedSurface
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• getCartoonStrandWidth() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
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• getCellEdgeLengthB() : BALL::CrystalInfo
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• getCentre() : BALL::CHPI::AromaticRing
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• getClassificationStatisticName() : BALL::QSAR::Registry
• getClassificationStatistics() : BALL::QSAR::Registry
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• getClosestIndex() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType >
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• getColor() : BALL::VIEW::ContourSurfaceDialog , BALL::VIEW::GeometricObject , BALL::VIEW::LightSource , BALL::VIEW::ColorProcessor , BALL::VIEW::LabelModel , BALL::VIEW::ElementColorProcessor , BALL::VIEW::ResidueNumberColorProcessor , BALL::VIEW::PositionColorProcessor , BALL::VIEW::ResidueNameColorProcessor , BALL::VIEW::AtomChargeColorProcessor , BALL::VIEW::AtomDistanceColorProcessor , BALL::VIEW::TemperatureFactorColorProcessor , BALL::VIEW::OccupancyColorProcessor , BALL::VIEW::ForceColorProcessor , BALL::VIEW::SecondaryStructureColorProcessor , BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor , BALL::VIEW::ColorButton
• getColor2() : BALL::VIEW::ColorExtension2
• getColor_() : BALL::VIEW::POVRenderer
• getColorIndex_() : BALL::VIEW::POVRenderer
• getColoringMethod() : BALL::VIEW::CreateRepresentationMessage , BALL::VIEW::Representation
• getColoringName() : BALL::VIEW::ModelInformation
• getColorMap() : BALL::VIEW::ElementColorProcessor , BALL::VIEW::ResidueNameColorProcessor
• getColorProcessor() : BALL::VIEW::Representation
• getColors() : BALL::VIEW::MultiColorExtension , BALL::VIEW::ColoringSettingsDialog , BALL::VIEW::GeometricObject , BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor , BALL::VIEW::PositionColorProcessor , BALL::VIEW::ColorTable
• getColumn() : BALL::TMatrix4x4< T >
• getColumnIndex() : BALL::ParameterSection
• getComent() : BALL::XYZFile
• getComment() : BALL::XYZFile
• getCompareMode() : BALL::String
• getCompletionBox_() : BALL::VIEW::PyWidget
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• getComponentNumber() : BALL::SmartsParser::SPNode
• getComponents() : BALL::ConnectedComponentsProcessor
• getComposite() : BALL::FragmentDistanceCollector , BALL::VIEW::Dataset , BALL::VIEW::GeometricObject , BALL::VIEW::CompositeMessage , BALL::VIEW::BALLThread
• getCompositeManager() : BALL::VIEW::MainControl
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• getComposites() : BALL::VIEW::CompositeManager , BALL::VIEW::CreateRepresentationMessage , BALL::VIEW::Representation , BALL::VIEW::ColorProcessor
• getConfigDialog() : BALL::VIEW::VIEWPlugin
• getConformationSet() : BALL::DockingAlgorithm , BALL::DockResult , BALL::GeometricFit , BALL::VIEW::DockingFinishedMessage
• getConfusionMatrix() : BALL::QSAR::ClassificationValidation
• getConjugate() : BALL::TQuaternion< T >
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• getContent() : BALL::INIFile , BALL::VIEW::PythonSettings , BALL::VIEW::HotkeyTable
• getController() : BALL::VIEW::DatasetControl
• getCoordinates() : BALL::TContourSurface< T >::Cube , BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType >
• getCorrectionParameter() : BALL::ShiftedLVMMMinimizer
• getCovalentRadius() : BALL::Element
• getCovariance() : BALL::QSAR::Statistics
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• getCTerminal() : BALL::Chain , BALL::Protein , BALL::SecondaryStructure
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• getCurrent() : BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >
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• getcwd_() : BALL::Directory
• getData() : BALL::Composite::AncestorIteratorTraits , BALL::Composite::ChildCompositeIteratorTraits , BALL::Composite::CompositeIteratorTraits , BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >::IteratorTraits_ , BALL::HashGridBox3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::HashGridBox3< Item >::DataIteratorTraits , BALL::HashGrid3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::HashSet< Key >::IteratorTraits , BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::Bruker1DFile , BALL::Bruker2DFile , BALL::ResourceEntry::IteratorTraits_ , BALL::Atom::BondIteratorTraits , BALL::CompositeIteratorTraits , BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits > , BALL::ColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::DiagonalIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementRowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::RowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::VectorIteratorTraits< valuetype > , BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT > , BALL::NodeItem< Node, Edge > , BALL::EdgeItem< Node, Edge > , BALL::BinaryFileAdaptor< T > , BALL::VIEW::RegularData3DController , BALL::VIEW::TrajectoryController , BALL::VIEW::DockResultController , BALL::VIEW::VectorGridController , BALL::VIEW::RaytraceableGridController , BALL::VIEW::FrameBuffer
• getDatablock() : BALL::CIFFile
• getDataItem() : BALL::CIFFile::SaveFrame , BALL::CIFFile::Datablock
• getDataItemValue() : BALL::CIFFile::SaveFrame
• getDataPath() : BALL::Path
• getDataset() : BALL::VIEW::DatasetController , BALL::VIEW::DatasetMessage
• getDatasetControl() : BALL::VIEW::DatasetController
• getDatasets() : BALL::VIEW::DatasetController , BALL::VIEW::DatasetControl
• getDCDFile() : BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog , BALL::VIEW::SimulationThread
• getDefault() : BALL::Factory< T >
• getDefaultColor() : BALL::VIEW::ColorProcessor , BALL::VIEW::ColorButton
• getDefaultCommunicator() : BALL::MPISupport
• getDefaultDataPath() : BALL::Path
• getDefaultNamingStandard() : BALL::FragmentDB
• getDefaultPage() : BALL::VIEW::HelpViewer
• getDefaultPeak() : BALL::Experiment< PeakListType >
• getDefaultValence() : BALL::SmartsParser::SPAtom , BALL::SmilesParser::SPAtom
• getDefaultValue() : BALL::CubicSpline1D
• getDegree() : BALL::Composite , BALL::PiecewisePolynomial , BALL::NodeItem< Node, Edge >
• getDensity() : BALL::SurfaceProcessor , BALL::TriangulatedSAS , BALL::TriangulatedSES , BALL::TriangulatedSurface
• getDepth() : BALL::Composite , BALL::ResourceEntry , BALL::ResourceEntry::IteratorTraits_ , BALL::TBox3< T > , BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::UCK
• getDepthVector() : BALL::TBox3< T >
• getDescription() : BALL::BALLPlugin , BALL::VIEW::VIEWPlugin
• getDescriptorIDs() : BALL::QSAR::Model
• getDescriptorMatrix() : BALL::QSAR::Model
• getDescriptorNames() : BALL::QSAR::Model
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• getDirection() : BALL::EnergyMinimizer , BALL::VIEW::LightSource
• getDirection_() : BALL::VIEW::LightSettings
• getDistance() : BALL::Atom , BALL::Atom::BondIteratorTraits , BALL::ColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::DiagonalIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementRowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::RowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::VectorIteratorTraits< valuetype > , BALL::TVector2< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::TVector4< T > , BALL::FragmentDistanceCollector , BALL::VIEW::ClippingPlane , BALL::VIEW::Camera , BALL::VIEW::AtomDistanceColorProcessor
• getDNABaseRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog , BALL::VIEW::AddCartoonModel
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• getDNALadderRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog , BALL::VIEW::AddCartoonModel
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• getDockingOptions() : BALL::DockResult
• getDonor() : BALL::HBondProcessor::HBond
• getDonor_() : BALL::HBondShiftProcessor
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• getDouble() : BALL::NamedProperty
• getDoubleValue() : BALL::JCAMPFile
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• getDrawingPrecision() : BALL::VIEW::Representation , BALL::VIEW::ModelProcessor
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• getEditElementType() : BALL::VIEW::EditableScene
• getEditorFont() : BALL::VIEW::PythonSettings
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• getElectronegativity() : BALL::Element
• getElectrostaticEnergy() : BALL::AmberNonBonded , BALL::CharmmNonBonded
• getElement() : BALL::Atom , BALL::PTE_
• getElementName() : BALL::GAFFCESParser::CESelementConnectionPredicate , BALL::GAFFCESParser::CESelementPredicate
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• getEnclosingIndices() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType >
• getEnclosingValues() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType >
• getEndpoint_() : BALL::VIEW::SDWidget
• getEndSnapshot() : BALL::VIEW::SnapshotVisualisationDialog
• getEnergy() : BALL::EnergyProcessor , BALL::ForceField , BALL::ForceFieldComponent , BALL::EnergyMinimizer , BALL::FDPB
• getEnergyDifference() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getEnergyDifferenceBound() : BALL::EnergyMinimizer
• getEnergyOutputFrequency() : BALL::MolecularDynamics , BALL::EnergyMinimizer
• getEnergyToAbort() : BALL::MolecularDynamics , BALL::EnergyMinimizer
• getEnergyUpdateCounter() : BALL::EnergyMinimizer
• getEntries() : BALL::JCAMPFile
• getEntry() : BALL::ResourceEntry , BALL::ResourceFile , BALL::QSAR::Registry , BALL::VIEW::ShowHelpMessage
• getEntry_() : BALL::VIEW::ShortcutRegistry
• getEntryFor() : BALL::VIEW::ColoringSettingsDialog , BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getEntryInformation() : BALL::NMRStarFile
• getEquivalence() : BALL::MMFF94AtomTypeEquivalences
• getEquivalences() : BALL::MMFF94
• getErrorCode() : BALL::FDPB
• getErrorMessage() : BALL::FDPB
• getESEnergy() : BALL::AmberFF , BALL::CharmmFF , BALL::MMFF94 , BALL::MMFF94NonBonded
• getExpandedText() : BALL::VIEW::Label
• getExponent() : BALL::MutablePower< Function, DataType >
• getExpression() : BALL::Selector , BALL::CreateSpectrumProcessor , BALL::SimpleExperiment1D , BALL::NumberOfHydrogenBondAcceptors , BALL::NumberOfHydrogenBondDonors , BALL::NumberOfHydrophobicAtoms
• getExpressionString() : BALL::Expression
• getExpressionTree() : BALL::Expression
• getExtensions() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getExternalSurface_() : BALL::Pair6_12InteractionEnergyProcessor , BALL::PairExpInteractionEnergyProcessor
• getExtrema() : BALL::SESSingularityCleaner
• getEyeDistance() : BALL::VIEW::Stage
• getFace() : BALL::GraphEdge< Vertex, Edge, Face > , BALL::ReducedSurface , BALL::SolventAccessibleSurface
• getFaceNormal() : BALL::RSComputer
• getFcv() : BALL::QSAR::RegressionValidation
• getFDPBDialog() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getFDPBSolver() : BALL::VIEW::FDPBDialog
• getFeatureSelectionName() : BALL::QSAR::Registry
• getField() : BALL::String , BALL::LineBasedFile
• getFieldQuoted() : BALL::String
• getFile() : BALL::Exception::GeneralException
• getFilename() : BALL::Exception::FileNotFound , BALL::INIFile , BALL::Parameters , BALL::PDBInfo , BALL::ShiftModel , BALL::ShiftModel1D , BALL::ShiftModel2D , BALL::AssignRadiusProcessor , BALL::FragmentDB , BALL::File::CannotWrite , BALL::VIEW::CharmmConfigurationDialog , BALL::VIEW::ExportGeometryDialog , BALL::VIEW::FFConfigurationDialog , BALL::VIEW::PythonSettings
• getFileName() : BALL::VIEW::FileObserver
• getFileStream() : BALL::File
• getFileTypes_() : BALL::VIEW::DatasetController
• getFinalizeOnDestruct() : BALL::MPISupport
• getFirst() : BALL::Addition< First, Second, DataType > , BALL::Subtraction< First, Second, DataType > , BALL::Product< First, Second, DataType > , BALL::Division< First, Second, DataType >
• getFirstAtom() : BALL::Bond
• getFirstCategoryFaces() : BALL::SESSingularityCleaner
• getFirstChild() : BALL::Composite
• getFirstColor() : BALL::VIEW::ResidueNumberColorProcessor
• getFirstEdge() : BALL::SmartsParser::SPNode
• getFirstEntry() : BALL::Directory
• getFirstIndex() : BALL::Substring
• getFirstMolecule() : BALL::ScoringFunction
• getFirstSPEdge() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getFirstSPNode() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getFitRes() : BALL::QSAR::ClassificationValidation , BALL::QSAR::RegressionValidation , BALL::QSAR::Validation
• getFlags() : BALL::VIEW::PixelFormat
• getFloat() : BALL::NamedProperty
• getFloatValue_() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getFlushToDiskFrequency() : BALL::SnapShotManager
• getFocalDistance() : BALL::VIEW::Stage
• getFogIntensity() : BALL::VIEW::Stage
• getFont() : BALL::VIEW::MainControlPreferences , BALL::VIEW::LabelModel , BALL::VIEW::Label
• getForce() : BALL::Atom
• getForceBase() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getForceField() : BALL::ForceFieldComponent , BALL::SnapShotManager , BALL::MolecularDynamics , BALL::EnergyMinimizer , BALL::AmberEvaluation , BALL::ForceFieldEvaluation , BALL::VIEW::MolecularStructure
• getForceMaxLength() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getForceOffset() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getForceScaling() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getForceUpdateCounter() : BALL::EnergyMinimizer
• getFormalCharge() : BALL::Atom , BALL::SmilesParser::SPAtom
• getFormat() : BALL::VIEW::FrameBuffer , BALL::VIEW::RenderTarget , BALL::VIEW::RenderWindow< taPixelDatatype >
• getFormula() : BALL::UCK
• getFourierDifference() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getFourierSpaceMax() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMaxX() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMaxY() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMaxZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMin() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMinX() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMinY() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierSpaceMinZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierStepWidth() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getFourierStepWidthX() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierStepWidthY() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFourierStepWidthZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getFrac2Cart() : BALL::CrystalInfo
• getFragment() : BALL::Atom , BALL::SecondaryStructure , BALL::FragmentDB
• getFragmentCopy() : BALL::FragmentDB
• getFragmentDB() : BALL::ElectrostaticPotentialCalculator , BALL::Peptides::PeptideBuilder , BALL::ReconstructFragmentProcessor , BALL::VIEW::MainControl , BALL::VIEW::ModularWidget
• getFragments() : BALL::FragmentDB
• getFragmentType() : BALL::FragmentDB
• getFrameBufferFormat() : BALL::VIEW::BufferedRenderer
• getFregr() : BALL::QSAR::RegressionValidation
• getFresnoTypes() : BALL::HydrogenBond
• getFrustum() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getFullName() : BALL::Atom , BALL::Residue
• getFunction() : BALL::Reciprocal< Function, DataType > , BALL::SquareFunction< Function, DataType > , BALL::CubicFunction< Function, DataType > , BALL::MutablePower< Function, DataType > , BALL::NumericalIntegrator< Function, DataType >
• getGeometricObjects() : BALL::VIEW::Representation , BALL::VIEW::ModelProcessor
• getGLErrorString() : BALL::VIEW::GLRenderWindow
• getGlobalPeak_() : BALL::GeometricFit
• getGLRenderer() : BALL::VIEW::Scene
• getGLSettings() : BALL::VIEW::StageSettings
• getGradient() : BALL::EnergyMinimizer
• getGraph() : BALL::UCK
• getGreen() : BALL::VIEW::ColorRGBA
• getGrid() : BALL::VIEW::ContourSurfaceDialog , BALL::VIEW::RaytraceableContourSurfaceDialog , BALL::VIEW::GridVisualisation
• getGridCoordinates() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getGridMaxValue() : BALL::VIEW::RaytraceableGrid
• getGridMinValue() : BALL::VIEW::RaytraceableGrid
• getGroup() : BALL::Element
• getGuestLayout() : BALL::VIEW::DockWidget
• getHA2_HBondLen_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• getHA_HBondLen_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• getHandle() : BALL::Object
• getHandler_() : BALL::VIEW::BALLMenuLike< QMenuLike > , BALL::VIEW::BALLMenuBar , BALL::VIEW::BALLMenu
• getHAtom() : BALL::CHPI::CHGroup
• getHBonds() : BALL::HBondProcessor
• getHBondsRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getHeader() : BALL::Bruker1DFile , BALL::JCAMPFile
• getHeight() : BALL::Composite , BALL::TBox3< T > , BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::VIEW::Renderer , BALL::VIEW::FrameBufferFormat
• getHeight_() : BALL::Composite
• getHeightVector() : BALL::TBox3< T >
• getHelixColor() : BALL::VIEW::SecondaryStructureColorProcessor
• getHelixRadius() : BALL::VIEW::AddCartoonModel
• getHelpEntryFor() : BALL::VIEW::HelpViewer
• getHighlightedRepresentations() : BALL::VIEW::GeometricControl
• getHN_HBondLen_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• getHue() : BALL::VIEW::ColorHSV
• getHuInvariants() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getHybridisationMap() : BALL::HybridisationProcessor
• getHydrogenBondScore() : BALL::SLICKEnergy , BALL::SLICKScore
• getHydrogenTypes_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• getHydrophobicColor() : BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor
• getIcon() : BALL::VIEW::IconLoader , BALL::VIEW::VIEWPlugin
• getIcosaederInterplationSteps() : BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getId() : BALL::UCK
• getID() : BALL::PDBInfo , BALL::NucleicAcid , BALL::Nucleotide , BALL::Protein , BALL::Residue
• getIdentifier() : BALL::Embeddable
• getIdentity() : BALL::TMatrix4x4< T >
• getImage() : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget
• getImproperTorsionEnergy() : BALL::CharmmFF
• getImprovedFlag() : BALL::StrangLBFGSMinimizer
• getIndex() : BALL::TContourSurface< T >::Cube , BALL::SnapShot , BALL::GraphEdge< Vertex, Edge, Face > , BALL::GraphFace< Vertex, Edge, Face > , BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face > , BALL::GraphVertex< Vertex, Edge, Face > , BALL::RDFParameter
• getIndex_() : BALL::HashGrid3< Item > , BALL::MMFF94BendParameters , BALL::MMFF94StretchBendParameters , BALL::MMFF94TorsionParameters , BALL::MMFF94PlaneParameters , BALL::MMFF94ESParameters
• getIndexByRow_() : BALL::MMFF94StretchBendParameters
• getIndices() : BALL::HashGridBox3< Item > , BALL::HashGrid3< Item > , BALL::ClaverieParameter
• getInfoColor() : BALL::VIEW::Stage
• getInformationVisitor_() : BALL::VIEW::MolecularControl
• getINIFile() : BALL::VIEW::MainControl
• getINIFileSectionName() : BALL::VIEW::PreferencesEntry
• getInitialEnergy() : BALL::EnergyMinimizer
• getInitialGradient() : BALL::EnergyMinimizer
• getInsertedAtoms() : BALL::ReconstructFragmentProcessor
• getInsertionCode() : BALL::Nucleotide , BALL::Residue
• getInstance_() : BALL::Embeddable
• getInt() : BALL::NamedProperty
• getInteger() : BALL::Options
• getIntensity() : BALL::Peak< PositionType > , BALL::VIEW::LightSource
• getIntercept() : BALL::ScoringFunction
• getInterpolatedValue() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getInterpolationSteps() : BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getIntersectionPoint() : BALL::RSEdge
• getIntersectionPointsAndAngles() : BALL::SESSingularityCleaner
• getIntersectionsOfSingularEdge() : BALL::SESSingularityCleaner
• getInterval() : BALL::PiecewiseFunction
• getIntervalIndex() : BALL::PiecewiseFunction
• getIntervals() : BALL::PiecewiseFunction
• getIntValue() : BALL::JCAMPFile
• getInvalidRecords() : BALL::PDBInfo
• getInverse() : BALL::TQuaternion< T >
• getInverseColor() : BALL::VIEW::ColorRGBA
• getIonizationEnergy_() : BALL::PartialChargeProcessor
• getIsotope() : BALL::SmilesParser::SPAtom
• getItemValue() : BALL::CIFFile::SaveFrame
• getIterator() : BALL::ConstForwardFilterIterator< Predicate, IteratorForward >
• getKappa() : BALL::GeneralizedBornModel::GBParameters
• getKey() : BALL::ParameterSection , BALL::ResourceEntry
• getKeyIndex() : BALL::CIFFile::Item
• getKeySequence() : BALL::VIEW::EditSingleShortcut
• getKineticEnergy() : BALL::SnapShot , BALL::MolecularDynamics
• getKw() : BALL::QSAR::ALLModel
• getLanguageChanged() : BALL::VIEW::MainControlPreferences
• getLastChild() : BALL::Composite
• getLastColor() : BALL::VIEW::ResidueNumberColorProcessor
• getLastHighLightedMenuEntry() : BALL::VIEW::MainControl
• getLastIndex() : BALL::Substring
• getLastPosition() : BALL::SmartsMatcher::RecStructPool_
• getLatentVariables() : BALL::QSAR::LatentVariableModel
• getLayers() : BALL::BindingPocketProcessor
• getLength() : BALL::Bond , BALL::TVector2< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::TVector4< T > , BALL::HBondProcessor::HBond , BALL::VIEW::Tube , BALL::VIEW::TwoColoredTube
• getLevel() : BALL::LogStream
• getLigand() : BALL::ScoringFunction
• getLightSources() : BALL::VIEW::Stage
• getLine() : BALL::Exception::GeneralException , BALL::INIFile , BALL::LineBasedFile
• getline() : BALL::String
• getLineLevel() : BALL::LogStream
• getLineNumber() : BALL::LineBasedFile
• getLineText() : BALL::LogStream
• getLineTime() : BALL::LogStream
• getLinkSet() : BALL::ConnectedToPredicate::CTPNode
• getLoadings() : BALL::QSAR::LatentVariableModel
• getLockingWidget() : BALL::VIEW::MainControl
• getLoggingFilename() : BALL::VIEW::MainControl
• getLogicalOperator() : BALL::SmartsParser::SPEdge , BALL::SmartsParser::SPNode
• getLookAtPosition() : BALL::VIEW::Camera
• getLookUpVector() : BALL::VIEW::Camera
• getLower() : BALL::BoundingBoxProcessor
• getLowerBound() : BALL::CubicSpline1D , BALL::LineSearch
• getLowerDerivative() : BALL::CubicSpline1D
• getLowerIndex() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType >
• getLowestCommonAncestor() : BALL::Composite
• getMainControl() : BALL::VIEW::MainControl , BALL::VIEW::ModularWidget
• getMajorRadiusOfTorus() : BALL::RSEdge
• getMassCenter_() : BALL::GeometricFit
• getMatrix() : BALL::VIEW::TransformationMessage
• getMaxBondLength_() : BALL::BuildBondsProcessor
• getMaxColor() : BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor , BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMaxDistanceColor() : BALL::VIEW::AtomDistanceColorProcessor
• getMaxError() : BALL::QSAR::RegressionValidation
• getMaxGradient() : BALL::EnergyMinimizer , BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getMaximalNumberOfIterations() : BALL::MolecularDynamics
• getMaximalRadius() : BALL::ReducedSurface
• getMaximalSimulationTime() : BALL::MolecularDynamics
• getMaximum() : BALL::MPISupport
• getMaximumDisplacement() : BALL::EnergyMinimizer
• getMaximumNumberOfErrors() : BALL::ForceField , BALL::ScoringFunction
• getMaximumUnassignedAtoms() : BALL::AssignBaseProcessor , BALL::Templates
• getMaximumValence_() : BALL::Kekuliser
• getMaxIndex() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getMaxIntensity() : BALL::PeakList< PT >
• getMaxIterations() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getMaxLength() : BALL::VIEW::ForceModel
• getMaxMaxColor() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMaxNumberOfIterations() : BALL::EnergyMinimizer
• getMaxNumOfColumns() : BALL::ShiftedLVMMMinimizer
• getMaxNumOfStoredVectPairs() : BALL::StrangLBFGSMinimizer
• getMaxSameEnergy() : BALL::EnergyMinimizer
• getMaxSteps() : BALL::LineSearch , BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getMaxValue() : BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor , BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMaxXIndex() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getMaxYIndex() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getMaxZIndex() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getMDSimulationDialog() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getMean() : BALL::QSAR::Statistics
• getMembers() : BALL::VIEW::PyWidget
• getMenuHint() : BALL::VIEW::MainControl
• getMesh() : BALL::VIEW::MeshBuffer
• getMessage() : BALL::VIEW::LogEvent , BALL::Exception::GeneralException , BALL::VIEW::NotificationEvent , BALL::VIEW::MessageEvent
• getMicroSeconds() : BALL::PreciseTime
• getMidColor() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMiddleColor() : BALL::VIEW::ResidueNumberColorProcessor
• getMiddleVertex() : BALL::VIEW::TwoColoredLine , BALL::VIEW::TwoColoredTube
• getMidValue() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMinBondLength_() : BALL::BuildBondsProcessor
• getMinColor() : BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor , BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMinimizationDialog() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getMinimum() : BALL::MPISupport
• getMinIntensity() : BALL::PeakList< PT >
• getMinMinColor() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• getMinValue() : BALL::VIEW::GridColorWidget , BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor
• getMMFF94() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getMMFF94ConfigurationDialog() : BALL::VIEW::MolecularStructure
• getMode() : BALL::VIEW::Scene , BALL::VIEW::InterpolateColorProcessor
• getModelBuildTime() : BALL::VIEW::Representation
• getModelInformation() : BALL::VIEW::MainControl , BALL::VIEW::Representation
• getModelName() : BALL::VIEW::ModelInformation
• getModelNo() : BALL::QSAR::Registry
• getModelProcessor() : BALL::VIEW::Representation
• getModelType() : BALL::VIEW::CreateRepresentationMessage , BALL::VIEW::Representation
• getModificationTime() : BALL::Composite
• getModifySurfaceDialog() : BALL::VIEW::GeometricControl
• getModuleList() : BALL::ShiftModel
• getModulus() : BALL::EnumeratorIndex
• getMolecularControlSelection() : BALL::VIEW::MainControl
• getMolecularInformation() : BALL::NMRStarFile
• getMolecule() : BALL::Atom , BALL::Molecule , BALL::System
• getMoleculeCopy() : BALL::FragmentDB
• getMonomericPolymer() : BALL::NMRStarFile
• getMonomericPolymers() : BALL::NMRStarFile
• getMonteCarloNumberLines() : BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getMousePositionX() : BALL::VIEW::Scene
• getMousePositionY() : BALL::VIEW::Scene
• getMouseSensitivity() : BALL::VIEW::Scene
• getMouseWheelSensitivity() : BALL::VIEW::Scene
• getMoveModeAction_() : BALL::VIEW::Scene
• getMutations() : BALL::SideChainPlacementProcessor
• getName() : BALL::VIEW::GLRenderer , BALL::ForceField , BALL::NamedProperty , BALL::Atom , BALL::Exception::GeneralException , BALL::MolecularInformation , BALL::Options , BALL::INIFile::Section , BALL::PDBInfo , BALL::AtomContainer , BALL::Bond , BALL::Element , BALL::ForceFieldComponent , BALL::ShiftModule , BALL::BALLPlugin , BALL::Descriptor , BALL::ScoringComponent , BALL::SolventDescriptor , BALL::ResidueRotamerSet , BALL::File , BALL::VIEW::Dataset , BALL::VIEW::Representation , BALL::VIEW::VIEWPlugin , BALL::VIEW::PropEditorWidget
• getName_() : BALL::MolecularInformation
• getNamedProperty() : BALL::PropertyManager
• getNameFromFileName_() : BALL::VIEW::DatasetController
• getNames() : BALL::VIEW::ColorTable
• getNamesTitle() : BALL::VIEW::ColorTable
• getNamingStandard() : BALL::FragmentDB , BALL::FragmentDB::NormalizeNamesProcessor
• getNamingStandards() : BALL::FragmentDB
• getNCS() : BALL::CrystalInfo
• getNearestBackboneTorsion_() : BALL::RotamerLibrary
• getNearestBondOrder_() : BALL::BuildBondsProcessor
• getNeedsSSSR() : BALL::SmartsParser
• getNegate() : BALL::ExpressionTree
• getNewHandle() : BALL::Object
• getNext() : BALL::Composite
• getNextContourLine() : BALL::TContour< T >
• getNextEntry() : BALL::Directory
• getNextFree() : BALL::SmartsMatcher::RecStructPool_
• getNextHandle() : BALL::Object
• getNextPoint() : BALL::TContourLine< T >
• getNextPowerOfTwo_() : BALL::VIEW::RegularData3DController
• getNitrogenTypes_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• getNMRAtomDataSet() : BALL::NMRStarFile::BALLToBMRBMapper
• getNMRData() : BALL::NMRStarFile
• getNMRSpectrometer() : BALL::NMRStarFile
• getNMRSpectrometerByName() : BALL::NMRStarFile
• getNMRSpectrometerFieldStrength() : BALL::NMRStarFile
• getNMRSpectrometerManufacturer() : BALL::NMRStarFile
• getNMRSpectrometers() : BALL::NMRStarFile
• getNMRStarFile() : BALL::NMRStarFile::BALLToBMRBMapper
• getNoComponents() : BALL::QSAR::KPLSModel , BALL::QSAR::PLSModel
• getNode() : BALL::TMolecularGraph< Node, Edge >
• getNodes() : BALL::SmartsParser
• getNoDescriptors() : BALL::QSAR::QSARData , BALL::ML::MLData
• getNonBondedData() : BALL::MMFF94NonBonded
• getNonbondedEnergy() : BALL::MMFF94 , BALL::AmberFF , BALL::CharmmFF
• getNonpolarSolvationScore() : BALL::SLICKEnergy , BALL::SLICKScore
• getNoOrthoComponents() : BALL::QSAR::OPLSModel
• getNoResponseVariables() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::BayesModel , BALL::QSAR::NBModel , BALL::QSAR::QSARData , BALL::QSAR::SNBModel
• getNormal() : BALL::SESVertex , BALL::TSurface< T > , BALL::RSFace , BALL::TrianglePoint , BALL::VIEW::ClippingPlane , BALL::VIEW::GridVisualisation
• getNormal_() : BALL::AddHydrogenProcessor
• getNormalMomentsDifference() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getNormalVector() : BALL::CHPI::AromaticRing , BALL::DNAMutator
• getNoSubstances() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::QSARData
• getNot() : BALL::SmartsParser::SPNode
• getNTerminal() : BALL::SecondaryStructure , BALL::Chain , BALL::Protein , BALL::SecondaryStructure
• getNucleicAcid() : BALL::Nucleotide
• getNucleotide() : BALL::NucleicAcid
• getNullDistanceColor() : BALL::VIEW::AtomDistanceColorProcessor
• getNumberDensity() : BALL::SolventDescriptor
• getNumberOfAddedHydrogens() : BALL::AssignBondOrderProcessor , BALL::AddHydrogenProcessor
• getNumberOfAssignments() : BALL::AssignRadiusProcessor
• getNumberOfATOMRecords() : BALL::PDBInfo
• getNumberOfAtoms() : BALL::NMRStarFile , BALL::TrajectoryFile , BALL::ForceField , BALL::SnapShot
• getNumberOfAtomTypes() : BALL::SolventDescriptor
• getNumberOfBondsBuilt() : BALL::BuildBondsProcessor , BALL::FragmentDB::BuildBondsProcessor
• getNumberOfChemicalUnits() : BALL::NMRStarFile::MolecularSystem
• getNumberOfChildren() : BALL::ConnectedToPredicate::CTPNode
• getNumberOfClasses() : BALL::PersistenceManager
• getNumberOfColors() : BALL::VIEW::ColorMap
• getNumberOfComposites() : BALL::VIEW::CompositeManager
• getNumberOfComputedSolutions() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getNumberOfConnectedComponents() : BALL::ConnectedComponentsProcessor
• getNumberOfEdges() : BALL::TMolecularGraph< Node, Edge > , BALL::TriangulatedSurface
• getNumberOfEnergyProcessors() : BALL::ComposedEnergyProcessor
• getNumberOfErrors() : BALL::AssignRadiusProcessor
• getNumberOfFragments() : BALL::FragmentDistanceCollector
• getNumberOfGaps() : BALL::NMRStarFile::BALLToBMRBMapper
• getNumberOfHETATMRecords() : BALL::PDBInfo
• getNumberOfHybridisationStatesSet() : BALL::HybridisationProcessor
• getNumberOfImplicitHydrogens() : BALL::SmartsParser::SPAtom
• getNumberOfInsertedAtoms() : BALL::ReconstructFragmentProcessor
• getNumberOfInverseTransforms() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getNumberOfIterations() : BALL::EnergyMinimizer , BALL::FDPB , BALL::MolecularDynamics
• getNumberOfKeys() : BALL::ParameterSection
• getNumberOfLines() : BALL::LogStream , BALL::INIFile
• getNumberOfMismatches() : BALL::NMRStarFile::BALLToBMRBMapper
• getNumberOfModels() : BALL::PDBInfo
• getNumberOfMonomericPolymers() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfMovableAtoms() : BALL::ForceField
• getNumberOfNCSSymOps() : BALL::CrystalInfo
• getNumberOfNMRSpectrometers() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfNodeExpansions() : BALL::AssignBondOrderProcessor , BALL::AssignBondOrderProcessor::Solution_
• getNumberOfNodeExpansions_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getNumberOfNodes() : BALL::TMolecularGraph< Node, Edge >
• getNumberOfNormals() : BALL::TSurface< T >
• getNumberOfPartners() : BALL::GAFFCESParser::CESelementConnectionPredicate , BALL::GAFFCESParser::CESwildcardsConnectionPredicate
• getNumberOfPoints() : BALL::TriangulatedSurface
• getNumberOfRecords() : BALL::PDBInfo
• getNumberOfRepresentations() : BALL::VIEW::RepresentationManager
• getNumberOfResidueTorsions() : BALL::ResidueTorsions
• getNumberOfRingSystems() : BALL::RingAnalyser
• getNumberOfRotamers() : BALL::ResidueRotamerSet , BALL::RotamerLibrary
• getNumberOfRotamerSets() : BALL::RotamerLibrary
• getNumberOfSampleConditions() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfSamples() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfSections() : BALL::INIFile
• getNumberOfSelectedAtoms() : BALL::Selector
• getNumberOfSets() : BALL::MOL2File
• getNumberOfShiftReferenceSets() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfShiftsAssigned() : BALL::NMRStarFile
• getNumberOfSnapShots() : BALL::TrajectoryFile
• getNumberOfSnapShotsInBuffer() : BALL::SnapShotManager
• getNumberOfSplines() : BALL::CubicSpline2D
• getNumberOfSteps() : BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog
• getNumberOfSymOps() : BALL::CrystalInfo
• getNumberOfTorsions() : BALL::ResidueRotamerSet
• getNumberOfTriangles() : BALL::TSurface< T > , BALL::TriangulatedSurface
• getNumberOfTypes() : BALL::AtomTypes
• getNumberOfUnassignedAtoms() : BALL::AssignBaseProcessor , BALL::Templates
• getNumberOfVariables() : BALL::ParameterSection
• getNumberOfVertices() : BALL::TSurface< T >
• getNumChannels() : BALL::VIEW::PixelFormat
• getNumLevels() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• getO_HBondLen_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• getObject() : BALL::NamedProperty , BALL::VIEW::RegisterHelpSystemMessage , BALL::VIEW::GLRenderer
• getObjectCreator() : BALL::VIEW::ServerWidget
• getObjectHeader() : BALL::PersistenceManager , BALL::TextPersistenceManager , BALL::XDRPersistenceManager
• getOccupancy() : BALL::PDBAtom
• getOffset() : BALL::VIEW::ForceModel
• getOmega() : BALL::Peptides::AminoAcidDescriptor
• getOpenGLVersion() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getOpenMode() : BALL::File
• getOppositeEdge() : BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face >
• getOppositeVertex() : BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face >
• getOptions() : BALL::AmberEvaluation , BALL::ForceFieldEvaluation , BALL::VIEW::GeometricFitDialog
• getOrder() : BALL::Bond
• getOrientation() : BALL::GeometricFit
• getOrigin() : BALL::TContourSurface< T >::Cube , BALL::HashGrid3< Item > , BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::ShiftModel2D , BALL::VIEW::HeadTrackingEvent , BALL::VIEW::MotionTrackingEvent , BALL::ShiftModel1D , BALL::HashGrid3< Item >
• getOriginalName() : BALL::File
• getOrthogonalProjection() : BALL::TVector3< T >
• getOrthogonalVector() : BALL::DNAMutator
• getOrthographicZoom() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getOtherColor() : BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor
• getOutOfPlaneBends() : BALL::MMFF94OutOfPlaneBend
• getOxygenTypes_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• getParameterFile() : BALL::Parameters
• getParameters() : BALL::ForceField , BALL::MMFF94VDWParameters , BALL::CharmmEEF1 , BALL::LennardJones , BALL::Potential1210 , BALL::QuadraticAngleBend , BALL::QuadraticBondStretch , BALL::QuadraticImproperTorsion , BALL::ShiftModel , BALL::ShiftModel1D , BALL::ShiftModule , BALL::QSAR::ALLModel , BALL::QSAR::GPModel , BALL::QSAR::KPCRModel , BALL::QSAR::KPLSModel , BALL::QSAR::LDAModel , BALL::QSAR::Model , BALL::QSAR::NBModel , BALL::QSAR::OPLSModel , BALL::QSAR::PCRModel , BALL::QSAR::PLSModel , BALL::QSAR::RRModel , BALL::QSAR::SNBModel , BALL::ClaverieParameter , BALL::QSAR::LibsvmModel , BALL::QSAR::KNNModel , BALL::ShiftModel2D , BALL::CosineTorsion , BALL::Bruker1DFile
• getParent() : BALL::Composite , BALL::ResourceEntry , BALL::ConnectedToPredicate::CTPNode , BALL::VIEW::ConnectionObject , BALL::Composite
• getPartialCharge() : BALL::MMFF94ESParameters
• getPartner() : BALL::Bond
• getPartnerAtom() : BALL::Atom
• getPartners_() : BALL::AddHydrogenProcessor
• getPartnerSPNode() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getPath() : BALL::ResourceEntry , BALL::Directory
• getPathLength() : BALL::Composite
• getPattern() : BALL::RegularExpression
• getPBCI() : BALL::MMFF94ESParameters
• getPDBAtom() : BALL::Chain , BALL::Protein , BALL::Residue , BALL::SecondaryStructure , BALL::Residue , BALL::Chain
• getPeakList() : BALL::Bruker2DFile , BALL::CreateSpectrumProcessor , BALL::Experiment< PeakListType >
• getPeaks() : BALL::ShiftModel1D , BALL::ShiftModel2D
• getPeelingOrder() : BALL::RingAnalyser
• getPenalty_() : BALL::Kekuliser
• getPenaltyClass_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getPeriod() : BALL::Element
• getPeriodicBoundary() : BALL::HINFile
• getPerpendicularNormalization() : BALL::TVector3< T >
• getPhi() : BALL::MMFF94ESParameters , BALL::Peptides::AminoAcidDescriptor
• getPhysSpaceMax() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMaxX() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMaxY() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMaxZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMin() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMinX() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMinY() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysSpaceMinZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysStepWidth() : BALL::TFFT1D< ComplexTraits >
• getPhysStepWidthX() : BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPhysStepWidthY() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits >
• getPhysStepWidthZ() : BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• getPitch() : BALL::VIEW::FrameBufferFormat
• getPixelFormat() : BALL::VIEW::FrameBufferFormat
• getPixmap() : BALL::VIEW::CanvasWidget::PixmapItem
• getPlaneEnergy() : BALL::MMFF94
• getPluginCount() : BALL::PluginManager
• getPluginDirectories() : BALL::PluginManager
• getPluginInstance() : BALL::PluginManager
• getPoint() : BALL::TBox3< T > , BALL::SESVertex , BALL::SESComputer , BALL::Triangle , BALL::TrianglePoint , BALL::VIEW::ClippingPlane , BALL::VIEW::GridVisualisation , BALL::TriangleEdge , BALL::SASVertex
• getPolarColor() : BALL::VIEW::ResidueTypeColorProcessor
• getPolarSolvationScore() : BALL::SLICKEnergy , BALL::SLICKScore
• getPort() : BALL::VIEW::ServerPreferences , BALL::VIEW::ServerWidget , BALL::TCPServer
• getPosition() : BALL::ColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::DiagonalIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::Peak< PositionType > , BALL::RowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::HashGrid3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::Atom , BALL::Atom::BondIteratorTraits , BALL::ResourceEntry::IteratorTraits_ , BALL::HashSet< Key >::IteratorTraits , BALL::HashGridBox3< Item >::DataIteratorTraits , BALL::Composite::CompositeIteratorTraits , BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >::IteratorTraits_ , BALL::Composite::ChildCompositeIteratorTraits , BALL::HashGridBox3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::INIFile::IteratorTraits_ , BALL::Composite::AncestorIteratorTraits , BALL::DiagonalIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::Composite::AncestorIteratorTraits , BALL::Composite::ChildCompositeIteratorTraits , BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >::IteratorTraits_ , BALL::HashGridBox3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::HashGridBox3< Item >::DataIteratorTraits , BALL::Composite::CompositeIteratorTraits , BALL::HashSet< Key >::IteratorTraits , BALL::ResourceEntry::IteratorTraits_ , BALL::Atom::BondIteratorTraits , BALL::CompositeIteratorTraits , BALL::ColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementColumnIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::ElementRowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::RowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::VIEW::LightSource , BALL::VIEW::Sphere , BALL::Bruker2DFile , BALL::Atom , BALL::HashGrid3< Item >::BoxIteratorTraits , BALL::ElementRowIteratorTraits< valuetype, mtraits > , BALL::VectorIteratorTraits< valuetype >
• getPosition_() : BALL::VIEW::LightSettings
• getPositionAddress() : BALL::VIEW::Sphere
• getPositions() : BALL::CubicSpline1D
• getPotentialEnergy() : BALL::SnapShot , BALL::MolecularDynamics
• getPrecision() : BALL::TRRFile
• getPredicate() : BALL::BaseFilterIterator< Predicate, IteratorBase > , BALL::Expression , BALL::CompositeIteratorTraits , BALL::BaseFilterIterator< Predicate, IteratorBase > , BALL::ExpressionTree
• getPreferences() : BALL::VIEW::MainControl
• getPrefix() : BALL::RuleEvaluator
• getPrevious() : BALL::Composite
• getProbeRadius() : BALL::VIEW::AddSurfaceModel , BALL::ReducedSurface , BALL::SurfaceProcessor
• getProduct() : BALL::MPISupport
• getProgress() : BALL::DockingAlgorithm , BALL::GeometricFit
• getProject() : BALL::VIEW::ShowHelpMessage , BALL::VIEW::HelpViewer
• getProjectionMode() : BALL::VIEW::Camera
• getPrompt_() : BALL::VIEW::PyWidget
• getProperties() : BALL::VIEW::Representation
• getProperTorsionEnergy() : BALL::CharmmFF
• getProperty() : BALL::SmartsParser::SPAtom , BALL::PropertyManager
• getProtein() : BALL::SecondaryStructure , BALL::System , BALL::Residue , BALL::Chain , BALL::PDBAtom , BALL::Chain , BALL::PDBAtom , BALL::Residue , BALL::System , BALL::VIEW::PeptideDialog , BALL::SecondaryStructure
• getProteinName() : BALL::Peptides::PeptideBuilder
• getPsi() : BALL::Peptides::AminoAcidDescriptor
• getQ2() : BALL::QSAR::RegressionValidation
• getQColor() : BALL::VIEW::ColorRGBA
• getQueueSize() : BALL::AssignBondOrderProcessor , BALL::AssignBondOrderProcessor::Solution_
• getQueueSize_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getR() : BALL::MMFF94VDWParameters
• getR2() : BALL::QSAR::RegressionValidation
• getRadius() : BALL::Atom , BALL::VIEW::Sphere , BALL::VIEW::TwoColoredTube , BALL::VIEW::Tube , BALL::VIEW::HBondModelProcessor
• getRadius_() : BALL::GeometricFit
• getRange() : BALL::RadialDistributionFunction , BALL::PiecewiseFunction
• getRank() : BALL::MPISupport
• getRDF() : BALL::RDFSection , BALL::RDFIntegrator , BALL::RDFParameter
• getRDFIntegrator() : BALL::Pair6_12InteractionEnergyProcessor
• getRDFParameter() : BALL::Pair6_12InteractionEnergyProcessor
• getReactionFieldEnergy() : BALL::FDPB
• getReal() : BALL::Options
• getReceiver() : BALL::VIEW::InputDeviceDriver
• getReceptor() : BALL::ScoringFunction
• getRecordIndices() : BALL::PDBInfo
• getRecordNumber() : BALL::PDBFile
• getRecordString() : BALL::PDBFile
• getRecordType() : BALL::PDBFile
• getRed() : BALL::VIEW::ColorRGBA
• getReferenceFragment() : BALL::FragmentDB
• getRefresh() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getRegistry() : BALL::QSAR::RegistryEntry
• getRegressionStatisticName() : BALL::QSAR::Registry
• getRegressionStatistics() : BALL::QSAR::Registry
• getRelativeIndex() : BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face >
• getRemotenessIndicator() : BALL::PDBAtom
• getRenderer() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getRenderMode() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getReply_() : BALL::SimpleDownloaderHelper::UPThread , BALL::SimpleDownloaderHelper::HelperThread , BALL::SimpleDownloaderHelper::DLThread
• getRepresentation() : BALL::VIEW::UpdateRepresentationThread , BALL::VIEW::DisplayProperties , BALL::RadialDistributionFunction , BALL::VIEW::RepresentationMessage
• getRepresentationManager() : BALL::VIEW::MainControl
• getRepresentations() : BALL::VIEW::ClippingPlane , BALL::VIEW::RepresentationManager
• getRepresentationsOf() : BALL::VIEW::RepresentationManager
• getResidue() : BALL::Protein , BALL::PDBAtom , BALL::Chain , BALL::SecondaryStructure , BALL::PDBAtom , BALL::Atom , BALL::SecondaryStructure , BALL::Atom , BALL::Chain , BALL::Protein , BALL::FragmentDB
• getResidueByID() : BALL::Protein
• getResidueCopy() : BALL::FragmentDB
• getResidueData() : BALL::HBondProcessor
• getResidueSequence() : BALL::NMRStarFile
• getResults() : BALL::CharmmFF , BALL::MMFF94 , BALL::AmberFF , BALL::ForceField
• getRightVector() : BALL::VIEW::Camera , BALL::TBox3< T >
• getRing() : BALL::CHPI::AromaticRing
• getRing_() : BALL::RingPerceptionProcessor
• getRingAtoms() : BALL::RingFinder
• getRingConnections() : BALL::SmartsParser
• getRings() : BALL::MMFF94
• getRingSystem() : BALL::RingAnalyser
• getRMSGradient() : BALL::ForceField
• getRoot() : BALL::VIEW::ConnectionObject , BALL::SmartsParser , BALL::ResourceFile , BALL::Composite , BALL::ResourceEntry , BALL::ResourceFile
• getRotamer() : BALL::ResidueRotamerSet
• getRotamerSet() : BALL::RotamerLibrary
• getRotation() : BALL::VIEW::TransformationEvent6D
• getRotationMatrix() : BALL::TQuaternion< T >
• getRotationNum() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• getRow() : BALL::TMatrix4x4< T >
• getRowCovariance() : BALL::QSAR::Statistics
• getRowMean() : BALL::QSAR::Statistics
• getRowStddev() : BALL::QSAR::Statistics
• getRowVariance() : BALL::QSAR::Statistics
• getRS() : BALL::SolventAccessibleSurface
• getRSComponent() : BALL::RSComputer
• getRSEdge() : BALL::SESFace , BALL::SESEdge
• getRSFace() : BALL::SESFace
• getRSVertex() : BALL::SESFace
• getRTMaterial() : BALL::VIEW::Stage
• getSample() : BALL::NMRStarFile
• getSampleCondition() : BALL::NMRStarFile
• getSampleConditionByName() : BALL::NMRStarFile
• getSampleConditions() : BALL::NMRStarFile
• getSamples() : BALL::NMRStarFile
• getSaturation() : BALL::VIEW::ColorHSV
• getSaveframeByIndex() : BALL::CIFFile::Datablock
• getSaveframeByName() : BALL::CIFFile::Datablock
• getSaveframeIndicesByCategory() : BALL::CIFFile::Datablock
• getSaveframesByCategory() : BALL::CIFFile::Datablock
• getScaling() : BALL::VIEW::ForceModel
• getScalingFactors() : BALL::GeneralizedBornModel , BALL::GeneralizedBornModel::GBParameters
• getScene() : BALL::VIEW::AnimationThread
• getScore() : BALL::ScoringComponent
• getScores() : BALL::DockResult
• getScoring() : BALL::ConformationSet
• getScoringFunction() : BALL::ScoringComponent
• getScoringName() : BALL::DockResult
• getScoringOptions() : BALL::DockResult , BALL::VIEW::DockDialog
• getScreenPosition_() : BALL::VIEW::EditableScene
• getSecond() : BALL::Division< First, Second, DataType > , BALL::Addition< First, Second, DataType > , BALL::Product< First, Second, DataType > , BALL::Addition< First, Second, DataType > , BALL::Subtraction< First, Second, DataType >
• getSecondaryStructure() : BALL::Residue , BALL::Protein , BALL::Atom , BALL::Chain , BALL::Protein
• getSecondaryStructure_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• getSecondAtom() : BALL::Bond
• getSecondEdge() : BALL::SmartsParser::SPNode
• getSecondMolecule() : BALL::ScoringFunction
• getSecondNitro() : BALL::DNAMutator
• getSeconds() : BALL::PreciseTime
• getSecondSPEdge() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getSecondSPNode() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getSection() : BALL::INIFile , BALL::INIFile::IteratorTraits_
• getSectionFirstLine() : BALL::INIFile
• getSectionLastLine() : BALL::INIFile
• getSectionLength() : BALL::INIFile
• getSectionName() : BALL::ParameterSection
• getSectionNextLine() : BALL::INIFile::IteratorTraits_
• getSeedMode() : BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getSelectedAtoms() : BALL::Selector
• getSelectedDataset() : BALL::VIEW::DatasetController
• getSelectedDatasets() : BALL::VIEW::DatasetController
• getSelectedItems() : BALL::VIEW::GenericControl
• getSelectedModel() : BALL::PDBFile
• getSelectedSystem() : BALL::VIEW::MainControl
• getSelection() : BALL::VIEW::GeometricObjectSelectionMessage , BALL::VIEW::MainControl , BALL::VIEW::GenericSelectionMessage , BALL::VIEW::MolecularControl
• getSelectionSize() : BALL::VIEW::DatasetControl
• getSelectionTime() : BALL::Composite
• getSender() : BALL::VIEW::Message
• getSeparation_() : BALL::GeometricFit
• getSequence() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• getServerStatus() : BALL::VIEW::ServerPreferences
• getSet() : BALL::MOL2File
• getSettings() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog , BALL::VIEW::NetworkPreferences , BALL::VIEW::ColoringSettingsDialog
• getSettingsFromString() : BALL::VIEW::DisplayProperties
• getSetupTime() : BALL::ForceField
• getShift() : BALL::Bruker2DFile
• getShiftReferenceSet() : BALL::NMRStarFile
• getShiftReferenceSetByName() : BALL::NMRStarFile
• getShiftReferenceSets() : BALL::NMRStarFile
• getShininess() : BALL::VIEW::Stage
• getShortcutRegistry() : BALL::VIEW::MainControl
• getSibling() : BALL::Composite
• getSimilarDescriptors() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::QSARData
• getSimilarEdge() : BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face > , BALL::GraphFace< Vertex, Edge, Face >
• getSimulationThread() : BALL::VIEW::MainControl
• getSimulationTime() : BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog
• getSingularFaces() : BALL::SESSingularityCleaner
• getSize() : BALL::MPISupport , BALL::EnumeratorIndex , BALL::HashSet< Key > , BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::File , BALL::StringHashMap< Value > , BALL::ResourceEntry , BALL::ResourceFile , BALL::BitVector , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::HashGridBox3< Item > , BALL::List< Value > , BALL::HashGrid3< Item >
• getSizeX() : BALL::HashGrid3< Item >
• getSizeY() : BALL::HashGrid3< Item >
• getSizeZ() : BALL::HashGrid3< Item >
• getSkippedRecords() : BALL::PDBInfo
• getSmartObject() : BALL::NamedProperty
• getSmoothLines() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getSnapShotFrequency() : BALL::MolecularDynamics , BALL::EnergyMinimizer
• getSnapShotManager() : BALL::VIEW::SnapshotVisualisationDialog
• getSoluteDC() : BALL::GeneralizedBornModel::GBParameters
• getSolution() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getSolvationEnergy() : BALL::CharmmFF , BALL::CharmmNonBonded
• getSolventAtomDescriptorList() : BALL::SolventDescriptor
• getSolventDC() : BALL::GeneralizedBornModel::GBParameters
• getSolventDensity() : BALL::SolventParameter
• getSolventDescription() : BALL::SolventParameter
• getSolventDescriptor() : BALL::SolventParameter , BALL::Pair6_12InteractionEnergyProcessor , BALL::SolventParameter
• getSolventName() : BALL::SolventParameter
• getSource() : BALL::EdgeItem< Node, Edge >
• getSP2Plane_() : BALL::VIEW::AddBallAndStickModel
• getSpaceGroup() : BALL::CrystalInfo
• getSpacing() : BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::TContourSurface< T >::Cube , BALL::ShiftModel2D , BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::ShiftModel1D
• getSPAtom() : BALL::SmartsParser::SPNode
• getSPBond() : BALL::SmartsParser::SPEdge
• getSpecularIntensity() : BALL::VIEW::Stage
• getSphere() : BALL::SASFace , BALL::ReducedSurface
• getSpheres() : BALL::SurfaceProcessor
• getSpline() : BALL::CubicSpline2D
• getSquareDistance() : BALL::TVector2< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::TVector4< T >
• getSquareLength() : BALL::TVector4< T > , BALL::VIEW::Tube , BALL::TVector3< T > , BALL::TVector2< T >
• getStackPages() : BALL::VIEW::PreferencesEntry
• getStage() : BALL::VIEW::Renderer , BALL::VIEW::Scene , BALL::VIEW::SceneMessage , BALL::VIEW::Scene
• getStandardizedMomentsDifference() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getStartPosition() : BALL::RSComputer
• getStartSnapshot() : BALL::VIEW::SnapshotVisualisationDialog
• getStartupLog() : BALL::PyInterpreter
• getStat() : BALL::QSAR::Validation
• getStatistics() : BALL::QSAR::RegistryEntry
• getStatName() : BALL::QSAR::RegistryEntry
• getStatus() : BALL::SimpleDownloaderHelper::HelperThread , BALL::ResidueChecker
• getStatusbarText() : BALL::VIEW::MainControl
• getStddev() : BALL::QSAR::Statistics
• getStepsBetweenRefreshs() : BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog
• getStereoMode() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getStickRadius() : BALL::VIEW::AddBallAndStickModel
• getSticks() : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• getStickStickRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getStrandColor() : BALL::VIEW::SecondaryStructureColorProcessor
• getStrandHeight() : BALL::VIEW::AddCartoonModel
• getStrandWidth() : BALL::VIEW::AddCartoonModel
• getStretchBendEnergy() : BALL::MMFF94StretchBend , BALL::MMFF94
• getStretchBends() : BALL::MMFF94StretchBend
• getStretchEnergy() : BALL::AmberFF , BALL::CharmmFF , BALL::MMFF94 , BALL::MMFF94StretchBend
• getStretches() : BALL::MMFF94StretchBend
• getStretchParameters() : BALL::MMFF94
• getString() : BALL::NamedProperty
• getString_() : BALL::VIEW::CompositeProperties
• getStringToWildcard() : BALL::GAFFCESParser::CESPredicate
• getSubMenuTree_() : BALL::VIEW::BALLMenuLike< QMenuLike >
• getSubstance() : BALL::QSAR::QSARData , BALL::ML::MLData
• getSubstanceNames() : BALL::ML::MLData , BALL::QSAR::Model , BALL::QSAR::QSARData
• getSubstanceVector() : BALL::QSAR::Model
• getSubstring() : BALL::String
• getSuffix_() : BALL::FragmentDB::NormalizeNamesProcessor
• getSulfurTypes_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• getSum() : BALL::MPISupport
• getSuperAtomContainer() : BALL::Molecule , BALL::AtomContainer
• getSupportedFileFormats() : BALL::VIEW::DatasetController , BALL::VIEW::MolecularFileDialog
• getSupportedFileFormatsList() : BALL::VIEW::MolecularFileDialog
• getSupportedResolution() : BALL::VIEW::BufferedRenderer
• getSurface() : BALL::NumericalSAS , BALL::SurfaceProcessor , BALL::TBox3< T > , BALL::NumericalSAS , BALL::TSimpleBox3< T >
• getSurfaceDrawingPrecision() : BALL::VIEW::ModelProcessor , BALL::VIEW::Representation
• getSurfaceMap() : BALL::NumericalSAS
• getSurfacePerAtom() : BALL::NumericalSAS
• getSurfaceProbeRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• getSwapEndian() : BALL::BinaryFileAdaptor< T >
• getSybylType_() : BALL::MOL2File
• getSymbol() : BALL::Element , BALL::ConnectedToPredicate::CTPNode
• getSymOp() : BALL::CrystalInfo
• getSyntaxTree() : BALL::ExpressionParser
• getSysPath() : BALL::PyInterpreter
• getSystem() : BALL::ShiftModel2D , BALL::VIEW::SDWidget , BALL::VIEW::FDPBDialog , BALL::SmilesParser , BALL::Molecule , BALL::ConformationSet , BALL::Molecule , BALL::DockResult , BALL::ForceField , BALL::ShiftModel1D , BALL::SnapShotManager , BALL::ConformationSet , BALL::ForceField
• getSystem1() : BALL::VIEW::DockDialog
• getSystem2() : BALL::VIEW::DockDialog
• getSystemTime() : BALL::Timer
• getTableAverage_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::ShiftHyperSurface_
• getTableColumnAverage_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::ShiftHyperSurface_
• getTableRowAverage_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::ShiftHyperSurface_
• getTarget() : BALL::EdgeItem< Node, Edge >
• getTemperature() : BALL::HINFile , BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog , BALL::MolecularDynamics
• getTemperatureFactor() : BALL::PDBAtom
• getText() : BALL::VIEW::Label , BALL::VIEW::LabelModel
• getTexture() : BALL::VIEW::GridVisualisation
• getTextureIndex_() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getTextureUpDirection_() : BALL::VIEW::StageSettings
• getThreshold() : BALL::VIEW::ContourSurfaceDialog
• getTime() : BALL::MolecularDynamics , BALL::TimeStamp
• getTimestep() : BALL::TRRFile
• getTimeStep() : BALL::MolecularDynamics , BALL::VIEW::MolecularDynamicsDialog
• getTolerance() : BALL::VIEW::FieldLinesDialog
• getTorsionEnergy() : BALL::AmberFF , BALL::MMFF94 , BALL::CharmmFF
• getTorsionPhi() : BALL::Residue , BALL::ResidueRotamerSet
• getTorsionPsi() : BALL::ResidueRotamerSet , BALL::Residue
• getTorsions() : BALL::MMFF94Torsion
• getTorsionType() : BALL::MMFF94Torsion
• getTOrtho() : BALL::QSAR::OPLSModel
• getTotalArea() : BALL::NumericalSAS
• getTotalAverage() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::ShiftHyperSurface_
• getTotalCharge() : BALL::AssignChargeProcessor , BALL::AssignBondOrderProcessor
• getTotalCharge_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getTotalEnergy() : BALL::MolecularDynamics
• getTotalPenalty() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getTotalPenalty_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• getTotalVolume() : BALL::NumericalSAS
• getTrace() : BALL::TMatrix4x4< T >
• getTrainingResult() : BALL::QSAR::RegressionModel
• getTraits() : BALL::BaseFilterIterator< Predicate, IteratorBase > , BALL::BaseIterator< Container, DataType, Position, Traits > , BALL::BaseFilterIterator< Predicate, IteratorBase > , BALL::BaseIterator< Container, DataType, Position, Traits >
• getTrajectoryFile() : BALL::SnapShotManager
• getTransform() : BALL::VIEW::HeadTrackingEvent , BALL::VIEW::MotionTrackingEvent
• getTransformation() : BALL::TransformationProcessor
• getTransformationManager() : BALL::File
• getTranslation() : BALL::VIEW::TransformationEvent6D , BALL::GeometricFit , BALL::TranslationProcessor
• getTranslation_() : BALL::GeometricFit
• getTranslationVector_() : BALL::VIEW::Scene
• getTransparency() : BALL::VIEW::ColorProcessor , BALL::VIEW::Representation
• getTriangle() : BALL::TSurface< T > , BALL::TriangleEdge
• getTripleProduct() : BALL::TVector3< T >
• getTubeRadius() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog , BALL::VIEW::AddBackboneModel
• getTurnColor() : BALL::VIEW::SecondaryStructureColorProcessor
• getTurnPoint() : BALL::VIEW::Scene
• getTwoReferenceAtoms() : BALL::ReconstructFragmentProcessor
• getType() : BALL::VIEW::Dataset , BALL::SurfaceProcessor , BALL::AtomTypes , BALL::VIEW::DatasetControl , BALL::Peptides::AminoAcidDescriptor , BALL::SESEdge , BALL::NamedProperty , BALL::VIEW::LabelModel , BALL::SecondaryStructure , BALL::QSAR::Model , BALL::VIEW::LightSource , BALL::ExpressionTree , BALL::VIEW::SceneMessage , BALL::Atom , BALL::File , BALL::VIEW::MolecularTaskMessage , BALL::VIEW::DatasetMessage , BALL::VIEW::RepresentationMessage , BALL::SESFace , BALL::VIEW::CompositeMessage , BALL::VIEW::DatasetController , BALL::SmartsParser::SPAtom::Property , BALL::VIEW::AddSurfaceModel , BALL::MolecularInformation , BALL::Bond
• getType_() : BALL::MolecularInformation
• getTypeMap() : BALL::ScoringTypes
• getTypeName() : BALL::Templates , BALL::Atom , BALL::MolecularInformation , BALL::AtomTypes
• getTypeName_() : BALL::MolecularInformation
• getTypeNames() : BALL::GAFFTypeProcessor
• getU() : BALL::QSAR::PLSModel , BALL::QSAR::KPLSModel
• getU_() : BALL::MMFF94Torsion
• getUCK() : BALL::UCK
• getUnassignedAtoms() : BALL::MMFF94ChargeProcessor , BALL::AssignBaseProcessor , BALL::ScoringFunction , BALL::Templates , BALL::ForceField
• getUnassignedBonds() : BALL::Kekuliser
• getUnit() : BALL::HashGrid3< Item > , BALL::TVector4< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::Descriptor , BALL::TVector2< T >
• getUnitCellBox() : BALL::CrystalGenerator
• getUnnormalizedFeatureValue() : BALL::QSAR::Model
• getUnnormalizedResponseValue() : BALL::QSAR::Model
• getUnscoredConformations() : BALL::ConformationSet
• getUnsignedChar() : BALL::BitVector
• getUnsignedInt() : BALL::BitVector , BALL::NamedProperty
• getUnsignedLong() : BALL::BitVector
• getUnsignedShort() : BALL::BitVector
• getUpdateFrequency() : BALL::AmberFF , BALL::MMFF94 , BALL::ForceField
• getUpdateMethod() : BALL::ConjugateGradientMinimizer , BALL::ShiftedLVMMMinimizer
• getUpdateTime() : BALL::ForceField
• getUpper() : BALL::BoundingBoxProcessor
• getUpperBound() : BALL::CubicSpline1D
• getUpperDerivative() : BALL::CubicSpline1D
• getURL() : BALL::VIEW::RegisterHelpSystemMessage , BALL::VIEW::ShowHelpMessage , BALL::SimpleDownloader
• getUseConjugateGradient() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getUser2ScreenDistance_() : BALL::VIEW::StageSettings
• getUserEyeDistance_() : BALL::VIEW::StageSettings
• getUserEyeLevel_() : BALL::VIEW::StageSettings
• getUserHomeDir() : BALL::Directory
• getUserTime() : BALL::Timer
• getUseSelection() : BALL::ForceField
• getUseShiftedLVMM() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getUseStrangLBFGS() : BALL::VIEW::MinimizationDialog
• getV_() : BALL::MMFF94Torsion
• getValidationName() : BALL::QSAR::Registry
• getValue() : BALL::NumericalIntegrator< Function, DataType > , BALL::PreferencesObject , BALL::VIEW::ColorHSV , BALL::SmartsParser::SPAtom::Property , BALL::VIEW::BALLMenu , BALL::VIEW::ColorTable , BALL::ResourceFile , BALL::ResourceEntry , BALL::VIEW::ShortcutRegistry , BALL::ResourceEntry , BALL::VIEW::HotkeyTable , BALL::VIEW::BALLMenuBar , BALL::ParameterSection , BALL::ResourceFile , BALL::PluginManager , BALL::VIEW::PreferencesEntry::ExtendedPreferencesObject , BALL::INIFile , BALL::VIEW::ColorHSV
• getValue_() : BALL::VIEW::CharmmConfigurationDialog , BALL::VIEW::MMFF94ConfigurationDialog , BALL::VIEW::FFConfigurationDialog , BALL::VIEW::MMFF94ConfigurationDialog , BALL::VIEW::RaytraceableContourSurfaceDialog , BALL::VIEW::AssignBondOrderConfigurationDialog , BALL::VIEW::CharmmConfigurationDialog , BALL::VIEW::AssignBondOrderConfigurationDialog , BALL::VIEW::PreferencesEntry , BALL::VIEW::AmberConfigurationDialog , BALL::VIEW::FFConfigurationDialog
• getValues() : BALL::CubicSpline1D
• getValues_() : BALL::VIEW::LightSettings
• getVanDerWaalsRadius() : BALL::Element
• getVariance() : BALL::QSAR::Statistics
• getVariantNames() : BALL::FragmentDB
• getVdWEnergy() : BALL::AmberFF
• getVdwEnergy() : BALL::CharmmNonBonded
• getVDWEnergy() : BALL::MMFF94NonBonded
• getVdWEnergy() : BALL::CharmmFF
• getVdwEnergy() : BALL::AmberNonBonded
• getVdWEnergy() : BALL::MMFF94
• getVDWRadiusFactor() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog , BALL::VIEW::AddVanDerWaalsModel
• getVDWScore() : BALL::SLICKScore , BALL::SLICKEnergy
• getVector() : BALL::Options
• getVelocity() : BALL::Atom
• getVendor() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getVerbosity() : BALL::CubicSpline1D
• getVersion() : BALL::PDBFile
• getVertex() : BALL::VIEW::Vertex , BALL::TSurface< T > , BALL::ReducedSurface , BALL::VIEW::Vertex , BALL::GraphEdge< Vertex, Edge, Face > , BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face > , BALL::TSurface< T > , BALL::VIEW::Vertex , BALL::SolventAccessibleSurface
• getVertex1() : BALL::VIEW::Vertex2
• getVertex1Address() : BALL::VIEW::Vertex2
• getVertex2() : BALL::VIEW::Vertex2
• getVertex2Address() : BALL::VIEW::Vertex2
• getVertexAddress() : BALL::VIEW::Vertex
• getVertices() : BALL::VIEW::Disc , BALL::VIEW::MultiLine , BALL::VIEW::Tube , BALL::VIEW::Point , BALL::VIEW::Sphere , BALL::VIEW::TwoColoredTube , BALL::VIEW::SimpleBox , BALL::VIEW::QuadMesh , BALL::VIEW::Vertex2 , BALL::VIEW::Box , BALL::VIEW::Mesh , BALL::VIEW::TwoColoredLine , BALL::VIEW::Vertex2 , BALL::VIEW::GeometricObject , BALL::VIEW::Line , BALL::VIEW::Label
• getViewPoint() : BALL::VIEW::Camera
• getViewVector() : BALL::VIEW::Camera
• getVisitedBonds() : BALL::RingFinder
• getVolume() : BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::TBox3< T >
• getWeight() : BALL::UCK
• getWeights() : BALL::QSAR::LatentVariableModel
• getWidth() : BALL::TBox3< T > , BALL::VIEW::FrameBufferFormat , BALL::Peak< PositionType > , BALL::VIEW::Renderer , BALL::TSimpleBox3< T > , BALL::CreateSpectrumProcessor
• getWildcards() : BALL::GAFFCESParser::CESwildcardsConnectionPredicate , BALL::GAFFCESParser::CESwildcardsPredicate
• getWorkingDir() : BALL::VIEW::ModularWidget , BALL::VIEW::MainControl
• getWOrtho() : BALL::QSAR::OPLSModel
• getXAng() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• getXDefaultValue() : BALL::CubicSpline2D
• getXDiff_() : BALL::VIEW::Scene
• getXLowerBounds() : BALL::CubicSpline2D
• getXLowerDerivatives() : BALL::CubicSpline2D
• getXScale() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getXTol() : BALL::LineSearch
• getXUpperBounds() : BALL::CubicSpline2D
• getXUpperDerivatives() : BALL::CubicSpline2D
• getY() : BALL::QSAR::Model
• getYAng() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• getYDefaultValue() : BALL::CubicSpline2D
• getYDiff_() : BALL::VIEW::Scene
• getYLowerBound() : BALL::CubicSpline2D
• getYLowerDerivative() : BALL::CubicSpline2D
• getYRandResults() : BALL::QSAR::Validation
• getYScale() : BALL::VIEW::GLRenderer
• getYUpperBound() : BALL::CubicSpline2D
• getYUpperDerivative() : BALL::CubicSpline2D
• getZAng() : BALL::GeometricFit::RotationAngles_
• getZero() : BALL::TVector2< T > , BALL::TVector3< T > , BALL::TMatrix4x4< T > , BALL::TVector4< T >
• getZEType() : BALL::SmilesParser::SPBond , BALL::SmartsParser::SPBond
• getZScore() : BALL::CrystalInfo
• GLDisplayList() : BALL::VIEW::GLDisplayList
• gln_pressed() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• GlobalExceptionHandler() : BALL::Exception::GlobalExceptionHandler
• GlobalInitializer() : BALL::GlobalInitializer
• GLOffscreenTarget() : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget
• GLRenderer() : BALL::VIEW::GLRenderer
• GLRenderWindow() : BALL::VIEW::GLRenderWindow
• glu_pressed() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• gly_pressed() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• gotoLine() : BALL::LineBasedFile
• GPModel() : BALL::QSAR::GPModel
• Gradient() : BALL::Gradient
• GraphEdge() : BALL::GraphEdge< Vertex, Edge, Face >
• GraphFace() : BALL::GraphFace< Vertex, Edge, Face >
• GraphTriangle() : BALL::GraphTriangle< Vertex, Edge, Face >
• GraphVertex() : BALL::GraphVertex< Vertex, Edge, Face >
• GridColorWidget() : BALL::VIEW::GridColorWidget
• gridSearch() : BALL::QSAR::Kernel
• gridSelected() : BALL::VIEW::ModifyRepresentationDialog , BALL::VIEW::GridVisualizationDialog
• GridVisualisation() : BALL::VIEW::GridVisualisation
• GridVisualizationDialog() : BALL::VIEW::GridVisualizationDialog