Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- u -

• uisTransitions() : MRMAssay
• uisTransitionsLight() : MRMAssay
• UnableToCalibrate() : UnableToCalibrate
• UnableToCreateFile() : UnableToCreateFile
• UnableToFit() : UnableToFit
• unambiguousAACount() : AA
• uncompressData() : ZlibCompression
• uncompressString() : ZlibCompression
• undo() : Colorizer
• undo_() : AcquisitionInfoVisualizer, AcquisitionVisualizer, ContactPersonVisualizer, DataProcessingVisualizer, DocumentIdentifierVisualizer, ExperimentalSettingsVisualizer, GradientVisualizer, HPLCVisualizer, InstrumentSettingsVisualizer, InstrumentVisualizer, IonDetectorVisualizer, IonSourceVisualizer, MassAnalyzerVisualizer, MetaInfoDescriptionVisualizer, MetaInfoVisualizer, PeptideHitVisualizer, PeptideIdentificationVisualizer, PrecursorVisualizer, ProductVisualizer, ProteinHitVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer, SampleVisualizer, ScanWindowVisualizer, SoftwareVisualizer, SourceFileVisualizer, SpectrumSettingsVisualizer
• undoAll() : Colorizer
• unfindable() : NeighborSeq::NeighborStats
• unify() : SpectrumSettings
• UnimodXMLFile() : UnimodXMLFile
• UnimodXMLHandler() : UnimodXMLHandler
• unique_xerces_ptr() : unique_xerces_ptr< T >
• UniqueIdGenerator() : UniqueIdGenerator
• UniqueIdInterface() : UniqueIdInterface
• uniqueIdToIndex() : UniqueIdIndexer< T >
• Unit() : CVTerm::Unit
• united() : DRange< D >
• unlock() : GUILock
• UnnormalizedComparator() : UnnormalizedComparator
• unquote() : String
• unregister() : LogStreamNotifier
• UnregisteredParameter() : UnregisteredParameter
• unregisterStream() : StreamHandler
• unselectAll() : TOPPASScene
• untargetedMatching() : TargetedSpectraExtractor
• unWeightData() : TransformationModel
• unWeightDatum() : TransformationModel
• update() : LayerListView, BasicStatistics< RealT >, Param, QTCluster, SwathLibraryStats, TOPPViewMenu
• update_() : AcquisitionInfoVisualizer, AcquisitionVisualizer, BaseVisualizer< ObjectType >, ContactPersonVisualizer, DataProcessingVisualizer, DocumentIdentifierVisualizer, ExperimentalSettingsVisualizer, GradientVisualizer, HPLCVisualizer, InstrumentSettingsVisualizer, InstrumentVisualizer, IonDetectorVisualizer, IonSourceVisualizer, MassAnalyzerVisualizer, MetaInfoDescriptionVisualizer, PeptideHitVisualizer, Plot3DCanvas, PlotCanvas, PrecursorVisualizer, ProductVisualizer, ProteinHitVisualizer, SampleVisualizer, ScanWindowVisualizer, SoftwareVisualizer, SourceFileVisualizer, SpectrumSettingsVisualizer
• updateAllIDReferences() : Feature
• updateAndMovePepIDs_() : IDMergerAlgorithm
• updateAvgMassError_() : PeakGroup
• updateAxes() : PlotWidget
• updateBarsAndMenus() : TOPPViewBase
• updateBaseline() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
• updateCandidateMassBins_() : SpectralDeconvolution
• updateChannelMap() : ItraqConstants
• updateChargeFitScoreAndChargeIntensities_() : PeakGroup
• updateChargeRange_() : PeakGroup
• updateCheckBoxItem() : TableView
• updateClustering_() : QTClusterFinder
• updateClusterProxies_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• updateColor() : TOPPASEdge
• updateCurrentFeature_() : FeatureXMLHandler
• updateCurrentOutputFileNames() : TOPPASToolVertex
• updateCurrentPath() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateCursor_() : PlotCanvas
• updateCWD_() : InputFileList
• updatedCWD() : InputFile, InputFileList
• updatedFile() : InputFile
• updatedSingleCell_() : SpectraIDViewTab
• updatedSingleProteinCell_() : SpectraIDViewTab
• updateEdgeColors() : TOPPASScene
• updateEditorGeometry() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• updateEntries() : DataTabBase, DIATreeTab, SpectraIDViewTab, SpectraTreeTab
• updateEntries_() : SpectraIDViewTab
• updateFeatureVariant_() : ILPDCWrapper
• updateFilterBar() : TOPPViewBase
• updateFLASHDeconvParamFromWidgets_() : FLASHDeconvTabWidget
• updateFromFile() : SwathLibraryStats
• updateGridDimension_() : HashGrid< Cluster >
• updateHoveringEdgePos() : TOPPASScene
• updateHScrollbar() : PlotCanvas, PlotWidget
• updateIDReferences() : BaseFeature
• updateIntensityScale() : Plot3DOpenGLCanvas
• updateInternalList_() : FilterableList
• updateIonTypes_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• updateIsotopeMatrixFromStringList() : ItraqConstants
• updateIterativeWeightedMean_() : MassTraceDetection
• updateLayer() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• updateLayerBar() : TOPPViewBase
• updateLogMzPeaks_() : SpectralDeconvolution
• updateMassBins_() : SpectralDeconvolution
• updateMaximum() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• updateMeanMZ() : MassTrace
• updateMedianMZ() : MassTrace
• updateMedianRT() : MassTrace
• updateMembers_() : AbsoluteQuantitation, AccurateMassSearchEngine, AScore, BaseModel, BayesianProteinInferenceAlgorithm, BiGaussFitter1D, BiGaussModel, BinnedSharedPeakCount, BinnedSpectralContrastAngle, BinnedSumAgreeingIntensities, Biosaur2Algorithm, ConsensusIDAlgorithm, ConsensusIDAlgorithmPEPIons, ConsensusIDAlgorithmPEPMatrix, DefaultParamHandler, DiaPrescore, DIAScoring, EGHTraceFitter, ElutionPeakDetection, EmgFitter1D, EmgGradientDescent, EmgModel, ExtendedIsotopeFitter1D, ExtendedIsotopeModel, FeatureDeconvolution, FeatureDistance, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderAlgorithmPicked, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, FeatureFindingMetabo, FIAMSDataProcessor, Fitter1D, FLASHDeconvAlgorithm, FragmentIndex, GaussFilter, GaussFitter1D, GaussModel, GaussTraceFitter, IDMapper, IDScoreSwitcherAlgorithm, IncludeExcludeTarget, InterpolationModel, IsobaricChannelExtractor, IsobaricQuantifier, IsotopeFitter1D, IsotopeLabelingMDVs, IsotopeModel, ItraqEightPlexQuantitationMethod, ItraqFourPlexQuantitationMethod, KDTreeFeatureMaps, LevMarqFitter1D, LinearResampler, LinearResamplerAlign, LowessSmoothing, MapAlignmentAlgorithmKD, MapAlignmentAlgorithmPoseClustering, MapAlignmentAlgorithmTreeGuided, MascotGenericFile, MascotRemoteQuery, MassDecompositionAlgorithm, MassFeatureTrace, MassTraceDetection, MaxLikeliFitter1D, MetaboliteFeatureDeconvolution, MetaboliteSpectralMatching, MRMDecoy, MRMFeatureFilter, MRMFeatureFinderScoring, MRMMapping, MRMTransitionGroupPicker, MSPGenericFile, NLargest, Normalizer, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, PeakIntegrator, PeakPickerChromatogram, PeakPickerHiRes, PeakPickerIM, PeakPickerIterative, PeakPickerMobilogram, PeptideAndProteinQuant, PeptideIndexing, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, ReactionMonitoringTransition, SavitzkyGolayFilter, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >, SimpleSearchEngineAlgorithm, SimpleTSGXLMS, SpectralDeconvolution, SpectraMerger::SpectraDistance_, SpectrumAnnotator, StablePairFinder, SwathMapMassCorrection, TargetedSpectraExtractor, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS, TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod, TopDownIsobaricQuantification, TraceFitter, TransitionTSVFile, XFDRAlgorithm
• updateMenu() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateMetaValue() : MRMFeatureFilter
• updateMinElement() : DistanceMatrix< Value >
• updateMonoMassAndIsotopeIntensities() : PeakGroup
• updateMSLevels_() : FLASHDeconvAlgorithm
• updateOutputMap_() : IsobaricIsotopeCorrector
• updateOutputParamFromPerInputFile() : FLASHDeconvTabWidget
• updateOutputParamFromWidgets_() : FLASHDeconvTabWidget
• updatePeakGroupQvalues() : Qvalue
• updatePeptideHitAnnotations_() : LayerData1DPeak
• updatePerChargeCos_() : PeakGroup
• updatePerChargeInformation_() : PeakGroup
• updatePosition() : FuzzyStringComparator::InputLine
• updatePrecursorQScores_() : FLASHDeconvAlgorithm
• updateProcessLog() : TOPPViewBase
• updateProteinEntries_() : SpectraIDViewTab
• updateProteinGroups() : IDFilter
• updateProteinScores_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• updateQscore() : PeakGroup
• updateRange() : MRMFeatureFilter
• updateRanges() : ConsensusMap, FeatureMap, LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, RangeManagerContainer< RangeBases >
• updateScores() : PosteriorErrorProbabilityModel
• updateScrollbars_() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, PlotCanvas
• updateSmoothedMaxRT() : MassTrace
• updateSmoothedWeightedMeanRT() : MassTrace
• updateSNR_() : PeakGroup
• updateSwathParamFromWidgets_() : SwathTabWidget
• updateTabBar() : TOPPASBase
• updateToolBar() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateTOPPOutputLog() : TOPPASBase
• updateTree_() : PeptideIdentificationVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer
• updateUniqueIdToIndex() : UniqueIdIndexer< T >
• updateViewBar() : TOPPViewBase
• updateViewMode_() : TOPPViewOpenDialog
• updateVisibleList_() : FilterableList
• updateVScrollbar() : PlotCanvas, PlotWidget
• updateWeightedMeanMZ() : MassTrace
• updateWeightedMeanRT() : MassTrace
• updateWeightedMZsd() : MassTrace
• updateWhiteMSExperiment_() : MultiplexFiltering
• updateWidgetsfromSwathParam_() : SwathTabWidget
• updateWindowTitle() : INIFileEditorWindow
• uploadProgress() : MascotRemoteQuery
• url() : ControlledVocabulary
• usage() : SysInfo::MemUsage
• usePPM() : CalibrationData
• userTime() : StopWatch::TimeDiff_