Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- a -

• AA() : AA
• AAIndex() : AAIndex
• AASequence() : AASequence
• AASequenceIdentity() : MRMDecoy
• abort_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• abortPipeline() : TOPPASBase, TOPPASScene
• abortTOPPTool() : TOPPViewBase
• aboutToBeDestroyed() : PlotWidget, SignalProvider
• abs() : DPosition< D, TCoordinateType >
• absolutePath() : File
• AbsoluteQuantitation() : AbsoluteQuantitation
• AbsoluteQuantitationMethodFile() : AbsoluteQuantitationMethodFile
• AbsoluteQuantitationStandards() : AbsoluteQuantitationStandards
• AbsoluteQuantitationStandardsFile() : AbsoluteQuantitationStandardsFile
• accession() : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• accessionEqual_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• accessionHash_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• accumulateFilterValues() : MRMFeatureFilter
• AccurateMassSearchEngine() : AccurateMassSearchEngine
• AccurateMassSearchResult() : AccurateMassSearchResult
• acidic() : AAIndex
• ACNode() : ACNode
• Acquisition() : Acquisition
• AcquisitionInfo() : AcquisitionInfo
• AcquisitionInfoVisualizer() : AcquisitionInfoVisualizer
• acquisitionModeToString() : IonDetector
• AcquisitionVisualizer() : AcquisitionVisualizer
• AcqusHandler() : AcqusHandler
• ACScout() : ACScout
• actionModeChange() : Plot3DOpenGLCanvas, PlotCanvas
• ActionRequirement_() : TOPPViewMenu::ActionRequirement_
• activate1DSpectrum() : TVIdentificationViewController, TVSpectraViewController
• activateBehavior() : TVControllerBase, TVIdentificationViewController
• activateCache() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• activateLayer() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• activatePrecalculationMode() : MultiGradient
• activateSpectrum() : Plot1DCanvas
• activationMethodToShortString() : Precursor
• activationMethodToString() : Precursor
• activeSubWindow_() : TOPPASBase
• ACTrie() : ACTrie
• adaptPenScaling_() : Plot2DCanvas
• add() : Compomer, DataFilters, MetaDataBrowser, MSSpectrum::Chunks, QTCluster, RecentFilesMenu, TOPPASResources
• add2Buttons_() : BaseVisualizerGUI
• add_() : ACTrie, MetaInfoVisualizer
• addAbundantImmoniumIons_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addAction_() : TOPPViewMenu
• addAMinusBPeaks_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addAnalysisResults() : PeptideHit
• addBetaAccessions() : OPXLHelper
• addBlackListItems() : FilterableList
• addBooleanComboBox_() : BaseVisualizerGUI
• addButton_() : BaseVisualizerGUI
• addChargedSpectrum_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addChromatogram() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSExperiment
• addChromatograms() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• addChromLayer() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• addCluster() : ClusteringGrid
• addClusterElements_() : QTClusterFinder
• addColumn() : LPWrapper
• addComboBox_() : BaseVisualizerGUI
• addCOMETFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addCompound() : TargetedExperiment
• addCONCATSEFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addConfiguration() : IncludeExcludeTarget, TraMLProduct
• addConsensusFeature_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• addConstraint_() : MRMFeatureSelector
• addContact() : TargetedExperiment
• addCV() : TargetedExperiment
• addCVReference() : CVMappings
• addCVTerm() : CVMappingRule, CVTermList, CVTermListInterface
• addData() : LinearRegressionWithoutIntercept, TOPPViewBase
• addData_() : MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, addMassTraces >, MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, false >, MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, true >
• addDataFile() : TOPPViewBase
• addDataPoint() : RangeStats< VALUE_TYPE >
• addDataProcessing() : MSDataWritingConsumer
• addDataProcessing_() : PlotCanvas, TOPPBase
• addDoubleLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addDummyPeptideID_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addEdge() : TOPPASScene
• addElement() : ElementDB
• addElementToMaps_() : ElementDB
• addEluent() : Gradient
• addEluent_() : GradientVisualizer
• addEmptyLine_() : TOPPBase
• addEntry_() : SpectrumLookup
• addEnzyme_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• addEnzymeInfo() : SequestInfile
• addExcludeTarget() : TargetedExperiment
• addExternalPeptide() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addExternalPeptideToMap_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addExternalType() : ToolDescription
• addFeature() : KDTreeFeatureMaps, MRMFeature, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• addFile() : FileWatcher
• addFiles_() : InputFileList
• addFragmentPeaks_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addHit() : SpectrumIdentification
• addHits_() : ACTrie
• addHitsScout_() : ACTrie
• addHoveringEdge() : TOPPASScene
• addIDMatch() : BaseFeature
• addIncludeTarget() : TargetedExperiment
• addInEdge() : TOPPASVertex
• addInstrument() : TargetedExperiment
• addIntermediateProduct() : ReactionMonitoringTransition
• addInternalFragmentPeaks_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addInterpretation() : IncludeExcludeTarget, TraMLProduct
• addIntLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addIonMatchStatistics() : SpectrumAnnotator
• addIsotopeCluster_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addKLinkedIonPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLabel_() : BaseVisualizerGUI
• addLabelAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addLayer() : LayerStack, PlotCanvas
• addLine() : TextFile
• addLinearIonLosses_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLinearPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addLineEditButton_() : BaseVisualizerGUI
• addListView_() : BaseVisualizerGUI
• addLosses_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator
• addLossesFaster_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addLossFormula() : Residue
• addLossName() : Residue
• addMappingRule() : CVMappings
• addMaps() : KDTreeFeatureMaps
• addMASCOTFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMassTrace() : FeatureHypothesis
• addMatches_() : ModificationDefinitionsSet
• addMatchesToID_() : AccurateMassSearchEngine
• addMetaDataMetricsToMzTab() : Ms2IdentificationRate, TIC
• addMetaInfoToOptionalColumns() : MzTab, MzTabM
• addMetaValues() : MetaInfoInterface
• addMetaValues_() : XQuestResultXMLHandler
• addMethod_() : TopDownIsobaricQuantification
• addMissingFAIMSToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingIMToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingRTsToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingSpectrumReferences() : SpectrumMetaDataLookup
• addModification() : ModificationDefinitionsSet, ModificationsDB
• addModification_() : TransitionTSVFile
• addModificationsSequences_() : MRMAssay
• addModifiedResidueNames_() : ResidueDB
• addMS1Map_() : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• addMS2MarkerIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addMSFRAGGERFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMSGFFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMSLevel() : PeakFileOptions
• addMSRunMetaData_() : MzTab
• addMULTISEFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMzMetaValues_() : MzCalibration
• addMzTabMoleculeParentContext_() : IdentificationDataConverter
• addMzTabSEScores_() : IdentificationDataConverter
• addNeedle() : ACTrie
• addNeedles() : ACTrie
• addNeedlesAndCompress() : ACTrie
• addNewline() : LogWindow
• addNewModification_() : ModificationsDB
• addNewSwathMap_() : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• addNTermLossFormula() : Residue
• addNTermLossName() : Residue
• addOffsetPeptides_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addOptionalColumnsToSectionRow_() : MzTabFile
• addOutEdge() : TOPPASVertex
• addPeak() : MultiplexFilteredMSExperiment
• addPeak_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addPeakAnnotation() : LayerData1DBase, LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, Plot1DCanvas
• addPeakAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• addPeakAnnotationsFromID_() : TVIdentificationViewController
• addPeakAnnotationsToPeptideHit() : SpectrumAnnotator
• addPeakLayer() : PlotCanvas
• addPeaks_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addPepEvidenceToRows() : MzTabPSMSectionRow
• addPeptide() : TargetedExperiment
• addPeptideAndAssociatedProteinsWithRunInfo_() : IDBoostGraph
• addPeptideEvidence() : PeptideHit
• addPeptideIDWithAssociatedProteins_() : IDBoostGraph
• addPeptideRT_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addPeptideSequences_() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• addPeptideToMap_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addPercolatorFeatureList() : OPXLHelper
• addPoint() : ConvexHull2D
• addPoints() : ConvexHull2D
• addPrecursorChromatogram() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• addPrecursorCVTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addPrecursorFeature() : MRMFeature
• addPrecursorLabels1D_() : TVIdentificationViewController
• addPrecursorPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addPrecursorWithCompleteRNA_() : NuXLFragmentIonGenerator
• addPredictionTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addPrefixAndSuffixIons_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addPrimaryMSRunPath() : ProteinIdentification
• addProcessingStep() : ScoredProcessingResult
• addProductCVTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addProtein() : OSWData, TargetedExperiment
• addProteinGroups_() : IdXMLFile, ConsensusXMLHandler
• addProteinPositionMetaValues() : OPXLHelper
• addPublication() : TargetedExperiment
• addRatio() : ConsensusFeature
• addRecentFile_() : TOPPViewBase
• addReferenceFormat() : SpectrumLookup
• addResidue_() : ResidueDB
• addResidueNames_() : ResidueDB
• addResidueSet() : Residue
• addRow() : CsvFile, LPWrapper
• addRTFitData() : MapAlignmentAlgorithmKD
• addRunAttachment() : QcMLFile
• addRunQualityParameter() : QcMLFile
• addSample() : ExperimentalDesign::SampleSection
• addSatellite() : MultiplexFilteredPeak
• addSatelliteProfile() : MultiplexFilteredPeak
• addScore() : IdentificationData, ScoredProcessingResult, MRMFeature
• addSearchMetaData_() : MzTab
• addSecs() : DateTime
• addSection() : Param
• addSeeds_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addSeparator_() : BaseVisualizerGUI
• addSetAttachment() : QcMLFile
• addSetQualityParameter() : QcMLFile
• addShiftedImmoniumIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addShiftedPeakFragmentAnnotation_() : NuXLFragmentAnnotationHelper
• addSoftware() : TargetedExperiment
• addSourceFile() : TargetedExperiment
• addSpecialLysImmonumIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addSpectrum() : MSExperiment
• addSpectrumIdentification() : Identification
• addSpectrumToLibrary() : MSPGenericFile, MSPGenericFile_friend
• addSubWindow() : EnhancedWorkspace
• addSynonym() : DigestionEnzyme, Residue, ResidueModification
• addTab() : EnhancedTabBar
• addTag() : Param
• addTags() : Param
• addTargetAnnotations_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addTargetCVTerm() : TargetedExperiment
• addTargetRT_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addTargetToLibrary_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addText_() : TOPPBase
• addTextEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addTheoreticalSpectrumLayer_() : TVIdentificationViewController
• addTimepoint() : Gradient
• addTimepoint_() : GradientVisualizer
• addToCache_() : LogStreamBuf
• addToGroup() : FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled
• addTOPPASFile() : TOPPASBase
• addToTabBar() : EnhancedTabBarWidgetInterface
• addTransition() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, OSWData, TargetedExperiment
• Adduct() : Adduct
• AdductInfo() : AdductInfo
• addUpSpectra() : SpectrumAddition
• addUserLabelAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addUserPeakAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addValue() : BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >
• addVariable_() : MRMFeatureSelector
• addVertex() : TOPPASScene
• addVertexWithLookup_() : IDBoostGraph
• addVSpacer_() : BaseVisualizerGUI
• addWindowToggle() : TOPPViewMenu
• addXLinkIonLosses_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addXLinkIonPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addXLTargetDecoyMV() : OPXLHelper
• addXTANDEMFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• adjustFDRForExternalFeatures_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• advanceFollowUp() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• advanceTarget_() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• after() : SysInfo::MemUsage
• aggFromString_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• aggFunFromEnum_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• aggregate() : MSExperiment
• aggregateAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• aggregateFromMatrix() : MSExperiment
• aggregateInfo_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• aggregatePeptideScores_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• align() : MapAlignmentAlgorithmIdentification, MapAlignmentAlgorithmPoseClustering, MapAlignmentAlgorithmTreeGuided, NeedlemanWunsch
• alignInternalAndExternalIDs() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• alignToGrid_() : IonMobilityScoring
• aliphatic() : AAIndex
• allInputsReady() : TOPPASVertex
• allowedTol() : DaTrait, PpmTrait, ValueTrait
• allParentsAreDecoys() : IdentifiedSequence< SeqType >
• allSameMolecule() : ObservationMatchGroup
• allSameQuery() : ObservationMatchGroup
• AminoAcidModification() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• analyzeDeltaMassPatterns() : OpenSearchModificationAnalysis
• analyzeModifications() : OpenSearchModificationAnalysis
• analyzerTypeToString() : MassAnalyzer
• annotate() : IDMapper, LayerDataBase, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataPeak, NuXLReport
• annotate_() : AccurateMassSearchEngine
• annotate_feature_() : MetaboliteFeatureDeconvolution
• annotateAndLocate_() : NuXLAnnotateAndLocate
• annotateBestPerPeptide() : IDFilter
• annotateBestPerPeptidePerRun() : IDFilter
• annotateBestPerPeptidePerRunWithData() : IDFilter
• annotateBestPerPeptideWithData() : IDFilter
• annotateConsensusMap() : IonIdentityMolecularNetworking
• AnnotatedMSRun() : AnnotatedMSRun
• annotateFeatures_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• annotateFeaturesFinalizeAssay_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• annotateFeatureWithExternalIDs_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• annotateIndistProteins() : IDBoostGraph
• annotateIndistProteins_() : IDBoostGraph
• annotateIon() : MRMIonSeries
• annotateMatches() : SpectrumAnnotator
• annotatePredictions_() : NuXLRTPrediction
• annotateProteinModificationForTopHits() : NuXLProteinReport
• annotatePSMExplainedIonCurrent_() : PSMExplainedIonCurrent
• annotateQuantificationsToProteins() : PeptideAndProteinQuant
• annotateSpectra() : TargetedSpectraExtractor
• annotateSwathMapsFromFile() : SwathWindowLoader
• annotateTransition() : MRMIonSeries
• annotateTransitionCV() : MRMIonSeries
• annotateWithAMS() : TOPPViewBase
• annotateWithFileDialog() : LayerAnnotatorBase
• annotateWithFilename() : LayerAnnotatorBase
• annotateWithID() : TOPPViewBase
• annotateWithOSW() : TOPPViewBase
• annotateWorker_() : LayerAnnotatorAMS, LayerAnnotatorBase, LayerAnnotatorOSW, LayerAnnotatorPeptideID
• Annotation1DCaret() : Annotation1DCaret< DataPoint >
• Annotation1DDistanceItem() : Annotation1DDistanceItem
• Annotation1DItem() : Annotation1DItem
• Annotation1DPeakItem() : Annotation1DPeakItem< DataPoint >
• Annotation1DTextItem() : Annotation1DTextItem
• Annotation1DVerticalLineItem() : Annotation1DVerticalLineItem
• Annotations1DContainer() : Annotations1DContainer
• AnnotationStatistics() : AnnotationStatistics
• annotationToCV_() : MRMIonSeries
• annotationToCVTermList_() : MRMIonSeries
• anyFeaturePredicate_() : OMSFileStore
• Apex() : MassTraceDetection::Apex
• append() : ToolDescription, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• appendASCII() : StringManager
• appendChromatogram() : IChromatogramsWriter
• appendColumns() : ConsensusMap
• appendConsumer() : MSDataChainingConsumer
• appendDecoyPeakGroups_() : FLASHDeconvAlgorithm
• appendDecoys() : DBSuitability_friend
• appendDecoys_() : DBSuitability
• appendNewHeader() : LogWindow
• appendRow() : TableView
• appendRows() : ConsensusMap
• appendSpectrum() : ISpectraWriter
• appendText() : LogWindow
• AppliedProcessingStep() : AppliedProcessingStep
• apply() : NuXLLinearRescore, ConsensusIDAlgorithm, FalseDiscoveryRate, IDDecoyProbability, TransformationDescription
• apply_() : ConsensusIDAlgorithm, ConsensusIDAlgorithmIdentity, ConsensusIDAlgorithmSimilarity, IDDecoyProbability
• applyAllModsAtIdxAndExtend_() : ModifiedPeptideGenerator
• applyAtMostOneVariableModification_() : ModifiedNASequenceGenerator, ModifiedPeptideGenerator
• applyBasic() : FalseDiscoveryRate
• applyBasicPeptideLevel() : FalseDiscoveryRate
• applyCalibration() : AbsoluteQuantitation
• applyDilation_() : MorphologicalFilter
• applyDilationSimple_() : MorphologicalFilter
• applyErosion_() : MorphologicalFilter
• applyErosionSimple_() : MorphologicalFilter
• applyEstimated() : FalseDiscoveryRate
• applyEstimatedParameters() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• applyEvaluateProteinIDs() : FalseDiscoveryRate
• applyFixedModifications() : ModifiedNASequenceGenerator, ModifiedPeptideGenerator
• applyFunctionOnPeptideHits() : MapUtilities< MapType >
• applyFunctionOnPeptideHits_() : MapUtilities< MapType >
• applyFunctionOnPeptideIDs() : MapUtilities< MapType >
• applyFunctionOnPeptideIDs_() : MapUtilities< MapType >
• applyFunctorOnCCs() : IDBoostGraph
• applyFunctorOnCCsST() : IDBoostGraph
• applyLogTransformation() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• applyMemberFunction() : ConsensusMap, Feature, FeatureMap
• applyModToPep_() : ModifiedPeptideGenerator
• applyPickedProteinFDR() : FalseDiscoveryRate
• applyRtFiltering_() : Biosaur2Algorithm
• applyToBaseFeature_() : MapAlignmentTransformer
• applyToConsensusFeature_() : MapAlignmentTransformer
• applyToFeature_() : MapAlignmentTransformer
• applyToObservationMatches() : FalseDiscoveryRate
• applyToObservations() : IdentificationData
• applyTransformation() : InternalCalibration
• applyTransformation_() : InternalCalibration
• applyTransformations() : KDTreeFeatureMaps
• applyVariableModifications() : ModifiedNASequenceGenerator, ModifiedPeptideGenerator
• approximateFromPeptideWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• approximateIntensities() : CoarseIsotopePatternGenerator
• Area() : Area< N_DIM >
• areaBegin() : MSExperiment
• areaBeginConst() : MSExperiment
• areaEnd() : MSExperiment
• areaEndConst() : MSExperiment
• AreaIterator() : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >
• areMassesMatched() : SpectraMerger
• asBool_() : XMLHandler
• AScore() : AScore
• asDateTime_() : XMLHandler
• asDouble_() : XMLHandler
• asFilterElements_() : FileTypeList
• asFloat_() : XMLHandler
• asInt_() : XMLHandler
• askForOutputDir() : TOPPASScene
• asMass() : AccurateMassSearchEngine::CompareEntryAndMass_
• asMutable() : FeatureHandle
• assembleRunMap_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• assign() : ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, DIntervalBase< D >, shared_xerces_ptr< T >, unique_xerces_ptr< T >, RangeManager< RangeBases >
• assignDeltaScore_() : PercolatorFeatureSetHelper
• assignMS2IndexToFeature() : FeatureMapping
• assignTypes_() : XFDRAlgorithm
• assignUnsafe() : RangeManager< RangeBases >
• asUInt_() : XMLHandler
• at() : ExposedVector< VectorElement >, QCBase::SpectraMap
• atEnd() : FASTAFile
• Attachment() : QcMLFile::Attachment
• attributeAsDouble_() : XMLHandler
• attributeAsDoubleList_() : XMLHandler
• attributeAsInt_() : XMLHandler
• attributeAsIntList_() : XMLHandler
• attributeAsString_() : XMLHandler
• attributeAsStringList_() : XMLHandler
• AUC() : ROCCurve
• autoUpdateProjections_() : Plot2DWidget
• average() : SpectraMerger
• averageCentroidSpectra_() : SpectraMerger
• AverageLinkage() : AverageLinkage
• averageMass() : IsotopeDistribution
• averagePopulationAberration() : ClusterAnalyzer
• averageProfileSpectra_() : SpectraMerger
• averageSilhouetteWidth() : ClusterAnalyzer
• AxisPainter() : AxisPainter
• AxisTickCalculator() : AxisTickCalculator
• AxisWidget() : AxisWidget