Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- f -

• FailedAPICall() : FailedAPICall
• FalseDiscoveryRate() : FalseDiscoveryRate
• FASTAContainer() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• FASTAEntry() : FASTAFile::FASTAEntry
• FASTAFile() : FASTAFile
• fatalError() : XMLHandler, XMLValidator
• fdr_xprophet_() : XFDRAlgorithm
• Feature() : Feature
• feature() : KDTreeFeatureMaps
• FeatureDeconvolution() : FeatureDeconvolution
• FeatureDistance() : FeatureDistance
• FeatureEditDialog() : FeatureEditDialog
• FeatureFileOptions() : FeatureFileOptions
• FeatureFinderAlgorithm() : FeatureFinderAlgorithm
• FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• FeatureFinderAlgorithmPicked() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• FeatureFinderIdentificationAlgorithm() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• FeatureFinderMetaboIdentCompound() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound
• FeatureFinderMultiplexAlgorithm() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• FeatureFindingMetabo() : FeatureFindingMetabo
• FeatureGroupingAlgorithm() : FeatureGroupingAlgorithm
• FeatureGroupingAlgorithmKD() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• FeatureGroupingAlgorithmLabeled() : FeatureGroupingAlgorithmLabeled
• FeatureGroupingAlgorithmQT() : FeatureGroupingAlgorithmQT
• FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled() : FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled
• FeatureHandle() : FeatureHandle
• FeatureHandleMutable_() : FeatureHandle::FeatureHandleMutable_
• FeatureHypothesis() : FeatureHypothesis
• FeatureMap() : FeatureMap
• FeatureOpenMS() : FeatureOpenMS
• FeatureSummary() : FeatureSummary
• FeatureXMLFile() : FeatureXMLFile
• FeatureXMLHandler() : FeatureXMLHandler
• fetchSpectrumSwath() : OpenSwathScoring
• FFIDAlgoExternalIDHandler() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• FIAMSDataProcessor() : FIAMSDataProcessor
• FIAMSScheduler() : FIAMSScheduler
• FidHandler() : FidHandler
• field_changed_() : DataFilterDialog
• file_() : GlobalExceptionHandler
• fileChanged() : FileWatcher
• fileChanged_() : TOPPViewBase
• FileEmpty() : FileEmpty
• fileList() : File
• FileMapping() : FileMapping
• fileNamesValid() : TOPPASInputFileListVertex
• FileNameTooLong() : FileNameTooLong
• FileNotFound() : FileNotFound
• FileNotReadable() : FileNotReadable
• FileNotWritable() : FileNotWritable
• fileOpen() : QApplicationTOPP
• fileParamValidityCheck_() : TOPPBase
• fileSize() : File
• FileTypeList() : FileTypeList
• FileWatcher() : FileWatcher
• fill() : Matrix< Value >
• fillCalibrants() : InternalCalibration
• fillChromatogramData_() : MzMLHandler
• fillComboBox_() : BaseVisualizerGUI
• fillComboBoxes_() : TOPPASIOMappingDialog
• fillData_() : MzDataHandler
• fillDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fillEvidenceMapping_() : ProteinIdentification
• fillExtendedResidueTable_() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• fillExternalRTMap_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• fillFromInputLine() : FuzzyStringComparator::StreamElement_
• fillGaps_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• fillID_() : InternalCalibration
• fillIDs_() : InternalCalibration
• fillIndistinguishableGroupsWithSingletons() : ProteinIdentification
• fillInputVector_() : IsobaricIsotopeCorrector
• fillIntensities() : BaseModel
• fillIntensity() : BaseModel
• fillLabelMasterList_() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• fillLeft() : String
• fillLogDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fillLogDensitiesGumbel() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fillModMapping_() : ProteinIdentification
• fillPeptideScoreMap_() : IDScoreGetterSetter
• fillRight() : String
• fillRow_() : SpectraIDViewTab
• fillVectorsOfMessagePassers() : MessagePasserFactory< Label >
• filter() : FeatureOverlapFilter, GaussFilter, GaussFilterAlgorithm, MorphologicalFilter, MultiplexFilteringCentroided, MultiplexFilteringProfile, SavitzkyGolayFilter, TOPPASTreeView
• FilterableList() : FilterableList
• filterAveragineModel_() : MultiplexFiltering, MultiplexFilteringProfile
• filterBasedOnMolFormAdductOccurrence_() : MetaboTargetedAssay
• filterBasedOnTotalOccurrence_() : MetaboTargetedAssay
• filterByBasenames() : ExperimentalDesign
• filterByCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• filterByDrift() : ISpectrumAccess
• filterByMissedCleavages() : EnzymaticDigestion
• filterByPeakWidth() : ElutionPeakDetection
• filterCCs_() : MapAlignmentAlgorithmKD
• filterChanged() : FilterableList, FilterList
• filterClassifiedFeatures() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• filterEdit_() : FilterList
• filterEdited_() : FilterableList
• filterExperiment() : GaussFilter, MorphologicalFilter, SavitzkyGolayFilter
• FilterFeatureMap() : MRMFeatureFilter
• FilterFeatureMapBackgroundInterference() : MRMFeatureFilter
• FilterFeatureMapPercRSD() : MRMFeatureFilter
• filterFeatures_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• filterGroupsByScore() : IDFilter
• filterHits_() : MetaDataBrowser
• filterHitsByRank() : IDFilter
• filterHitsByScore() : IDFilter
• FilterList() : FilterList
• filterLowPeaks_() : FLASHDeconvAlgorithm
• filterMassBins_() : SpectralDeconvolution
• filterMinMaxTransitionsCompound() : MRMAssay
• filterObservationMatchesByScore() : IDFilter
• filterPeakIntensities_() : PeakPickerMobilogram
• filterPeakMap() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower, WindowMower
• filterPeakPositions_() : MultiplexFiltering
• filterPeakSpectrum() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower, WindowMower
• filterPeakSpectrumForTopNInJumpingWindow() : WindowMower
• filterPeakSpectrumForTopNInSlidingWindow() : WindowMower
• filterPeptideCorrelation_() : MultiplexFiltering, MultiplexFilteringProfile
• filterPeptideEvidences() : IDFilter::DigestionFilter, IDFilter
• FilterPeptideEvidences() : IDFilter
• filterPeptidesByCharge() : IDFilter
• filterPeptidesByFAIMSCV() : FAIMSHelper
• filterPeptidesByLength() : IDFilter
• filterPeptidesByMZ() : IDFilter
• filterPeptidesByMZError() : IDFilter
• filterPeptidesByRT() : IDFilter
• filterPeptidesByRTPredictPValue() : IDFilter
• filterPeptideSequences() : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• filterPrecursorsByTags() : OPXLHelper
• filterRange() : MorphologicalFilter
• filterSpectrum() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower
• filterToolTree_() : TOPPASBase
• filterTopPeak() : PeakPickerMobilogram
• filterTopPeak_() : PeakPickerMobilogram
• filterUnreferencedDecoysCompound() : MRMAssay
• finalizeAssayFeatures_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• finalizeCluster() : QTCluster
• find() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, File
• find_exact() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_nearest() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_nearest_if() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_within_range() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• findBestIsotopeFit_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• findBestPeak_() : MassTraceDetection
• findBestPrecursorPeakGroup_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findByIndex() : SpectrumLookup
• findByNativeID() : SpectrumLookup
• findByReference() : SpectrumLookup
• findByRegExpMatch_() : SpectrumLookup
• findByRT() : SpectrumLookup
• findByScanNumber() : SpectrumLookup
• findCandidatePositions_() : NeighborSeq
• findChildBFS_() : ACTrie
• findChildNaive_() : ACTrie
• findClosestDataPoint() : LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, LayerDataBase
• findClosestPeak_() : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• findCommonMetaKeys() : MetaInfoInterfaceUtils
• findComponentFeature_() : AbsoluteQuantitationStandards
• findConnectedComponent() : PeptideProteinResolution
• findDatabase() : File
• findDecoyString() : DecoyHelper, FalseDiscoveryRate::DecoyStringHelper
• findDoc() : File
• findEntry() : Param::ParamNode
• findEntry_() : TOPPBase
• findEntryRecursive() : Param::ParamNode
• findExecutable() : File
• findFeaturesAndUpdateQscore2D() : MassFeatureTrace
• findFirst() : Param
• findFixedAndTermResidues_() : MRMDecoy
• findFixedResidues() : MRMDecoy
• findFixedResidues_() : MRMDecoy
• findHighestDataPoint() : LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• findHighestInWindow() : Mobilogram, MSSpectrum
• findHighestPeak_() : PeakPickerMobilogram
• findHit() : ProteinIdentification
• findIndexListOffset() : IndexedMzMLDecoder
• findIsotope_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• findLargestPeak() : MRMTransitionGroupPicker
• findLocalExtrema() : ElutionPeakDetection
• findLocalFeatures_() : FeatureFindingMetabo
• findMatches() : ModificationDefinitionsSet
• findMaxByIntPeak() : MassTrace
• findModificationIndex() : ModificationsDB
• findNearest() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, MZTrafoModel
• findNearestNeighbour_() : GridBasedClustering< Metric >
• findNearestPeak_() : Plot2DCanvas
• findNext() : Param
• findNode() : Param::ParamNode
• findParentOf() : Param::ParamNode
• findPeakAtPosition_() : Plot1DCanvas
• findPeaksInHistogram_() : OpenSearchModificationAnalysis
• findPeptide() : TransitionHelper
• findPluginExecutable() : TVToolDiscovery
• findPosAtPeakHeightPercent_() : PeakIntegrator
• findPrecursorPeakGroupsFormIdaLog_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findPrecursorPeakGroupsForMSnSpectra_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findPrecursorScanNumber_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findPythonScript_() : SwathTabWidget
• findR() : RWrapper
• findReferenceChannel_() : IsobaricNormalizer
• findScanNumberBounds_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findScoreType() : IdentificationData, IDScoreSwitcherAlgorithm
• findScript() : RWrapper
• findSearchParameters_() : MzIdentMLDOMHandler
• findSiblingTOPPExecutable() : File
• findStream_() : LogStream
• findSwathMapsPasef() : SwathMapMassCorrection
• findTopUniqueHits_() : XFDRAlgorithm
• findWidestPeakIndices() : MRMTransitionGroupPicker
• FineIsotopePatternGenerator() : FineIsotopePatternGenerator
• finishAdding_() : BaseVisualizerGUI, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• finishContextMenu_() : Plot2DCanvas
• finishHoveringEdge() : TOPPASScene, TOPPASVertex
• finishTOPPToolExecution() : TOPPViewBase
• firstExec() : TOPPASIOMappingDialog
• firstToUpper() : String
• fit() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, GammaDistributionFitter, GaussFitter, GumbelDistributionFitter, PosteriorErrorProbabilityModel, TraceFitter
• fit1d() : BiGaussFitter1D, EmgFitter1D, ExtendedIsotopeFitter1D, Fitter1D, GaussFitter1D, IsotopeFitter1D
• fitAndValidateModel_() : ElutionModelFitter
• fitCalibration() : AbsoluteQuantitation
• fitElutionModels() : ElutionModelFitter
• fitEMGPeakModel() : EmgGradientDescent
• fitGumbelGauss() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fitLOWESS() : MapAlignmentAlgorithmKD
• fitModel() : TransformationDescription
• fitOffset_() : MaxLikeliFitter1D
• fitRT_() : EmgScoring
• Fitter1D() : Fitter1D
• fitWeighted() : GumbelDistributionFitter, GumbelMaxLikelihoodFitter
• fixRange() : Plot1DGoToDialog
• FlagSet() : FlagSet< ENUM >
• FLASHDeconvAlgorithm() : FLASHDeconvAlgorithm
• FLASHDeconvTabWidget() : FLASHDeconvTabWidget
• FLASHDeconvWizardBase() : FLASHDeconvWizardBase
• flipLayer() : Plot1DCanvas
• flippedLayersExist() : Plot1DCanvas
• floatfield() : BK_PrecPolicyFull< T >
• flush() : IChromatogramsWriter, ISpectraWriter, LogStream, MSDataSqlConsumer
• focusByTab() : TOPPASBase
• focusInEvent() : OpenMSLineEdit
• focusOutEvent() : OpenMSLineEdit, Plot3DOpenGLCanvas, PlotCanvas
• follow_() : ACTrie
• followRedirect() : MascotRemoteQuery
• followScout_() : ACTrie
• followUpValid() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• for_each_base_() : RangeManager< RangeBases >
• formattedValue() : DimBase
• forwardTOPPOutput() : TOPPASToolVertex
• Fragment() : FragmentIndex::Fragment
• FragmentAnnotationDetail_() : NuXLFragmentAnnotationHelper::FragmentAnnotationDetail_
• fragmentAnnotationDetailsToPHFA() : NuXLFragmentAnnotationHelper
• FragmentIndex() : FragmentIndex
• FragmentMassError() : FragmentMassError
• fromCellString() : MzTabBoolean, MzTabDouble, MzTabDoubleList, MzTabInteger, MzTabIntegerList, MzTabModification, MzTabModificationList, MzTabParameter, MzTabParameterList, MzTabSpectraRef, MzTabString, MzTabStringList
• fromConsensusMap() : ExperimentalDesign
• fromFeatureMap() : ExperimentalDesign
• fromFileDialogFilter() : FileTypeList
• fromIdentifications() : ExperimentalDesign
• fromIMUnit() : IMTypes
• fromIndex() : AA
• fromLocalFile() : TOPPASResource
• fromNative_() : StringManager
• fromNativeID() : OSWData
• fromQStringList() : StringListUtils
• fromString() : AASequence, DataFilters::DataFilter, DateTime, EmpiricalFormula, MultiGradient, NASequence
• fromXSDString() : XMLHandler
• fromXY() : DimBase, DimIM, DimINT, DimMapper< N_DIM >, DimMZ, DimRT
• front() : ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• fullDimensionName() : MobilityPeak2D, Peak2D
• fullDimensionNameIM() : MobilityPeak2D
• fullDimensionNameMZ() : MobilityPeak2D, Peak2D
• fullDimensionNameRT() : Peak2D
• fullDimensionUnit() : MobilityPeak2D, Peak2D
• fullDimensionUnitIM() : MobilityPeak2D
• fullDimensionUnitMZ() : MobilityPeak2D, Peak2D
• fullDimensionUnitRT() : Peak2D
• FullSwathFileConsumer() : FullSwathFileConsumer
• function_() : GlobalExceptionHandler
• FuzzyDoubleComparator() : OpenSearchModificationAnalysis::FuzzyDoubleComparator
• FuzzyStringComparator() : FuzzyStringComparator
• FWHM() : FWHM