Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• P : BALL::Element , BALL::Rotamer
• p : BALL::TCircle3< T > , BALL::TLine3< T > , BALL::TPlane3< T > , BALL::TriangulatedSphere::Face , BALL::TSphere3< T > , boost::hash< RTpieCpp::InstanceHandle >::conv , boost::hash< RTpieCpp::MeshHandle >::conv
• P15 : BALL::HMOFile
• P6 : BALL::HMOFile
• P_ : BALL::RingPerceptionProcessor
• p_i_ : BALL::ConjugateGradientMinimizer
• p_t_ : BALL::ConjugateGradientMinimizer
• Pa : BALL::Element
• paintEngine() : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget
• paintEvent() : BALL::VIEW::ColorButton , BALL::VIEW::GLRenderWindow , BALL::VIEW::Scene , BALL::VIEW::SDWidget , BALL::VIEW::TextEditorWidget::LineNumbers
• paintGL() : BALL::VIEW::Scene
• Pair6_12InteractionEnergyProcessor() : BALL::Pair6_12InteractionEnergyProcessor
• Pair6_12RDFIntegrator() : BALL::Pair6_12RDFIntegrator
• pair_items : BALL::CIFFile::SaveFrame
• PairExpInteractionEnergyProcessor() : BALL::PairExpInteractionEnergyProcessor
• PairExpRDFIntegrator() : BALL::PairExpRDFIntegrator
• PairVector : BALL::AtomBijection , BALL::ForceField , BALL::UCK
• pairwise_scores_ : BALL::PoseClustering
• PALLADIUM : BALL::Element
• par1 : BALL::QSAR::Kernel
• par2 : BALL::QSAR::Kernel
• parameter_filename_ : BALL::DockingAlgorithm
• parameterDefaults : BALL::QSAR::RegistryEntry
• ParameterDescription() : BALL::ParameterDescription
• parameterNames : BALL::QSAR::RegistryEntry
• Parameters() : BALL::Parameters
• parameters_ : BALL::ClaverieParameter , BALL::ForceField , BALL::GeneticAlgorithm , BALL::MMFF94BendParameters , BALL::MMFF94ESParameters , BALL::MMFF94PlaneParameters , BALL::MMFF94StretchBendParameters , BALL::MMFF94StretchParameters , BALL::MMFF94Torsion , BALL::MMFF94TorsionParameters , BALL::MMFF94VDWParameters , BALL::ShiftModel1D , BALL::ShiftModel2D , BALL::ShiftModel , BALL::ShiftModule
• parameters_by_row_ : BALL::MMFF94StretchBendParameters
• parameters_initialized_ : BALL::AmberFF , BALL::CharmmFF , BALL::MMFF94
• ParameterSection() : BALL::ParameterSection
• ParamFile() : BALL::ParamFile
• parent : BALL::GAFFCESParser::CESPredicate , BALL::HashGridBox3< Item >
• parent_ : BALL::ConformationSet , BALL::FPTBondOrderStrategy::FPTBondOrderAssignment_ , BALL::NMRStarFile::NMRAtomDataSet , BALL::SimpleDownloaderHelper::HelperThread , BALL::VIEW::AtomOverview
• PARENT_DIRECTORY : BALL::FileSystem
• parent_widget_ : BALL::VIEW::ServerWidget::BALLViewServer
• parents_ : BALL::RingPerceptionProcessor
• parity : BALL::MOLFile::AtomStruct
• pars_ : BALL::Bruker1DFile
• parse() : BALL::CommandlineParser , BALL::ExpressionParser , BALL::GAFFCESParser , BALL::SmartsParser , BALL::SmilesParser
• PARSE_INI_FILE : BALL::BindingPocketProcessor::Default , BALL::BindingPocketProcessor::Option
• PARSE_PARTIAL_CHARGES : BALL::PDBFile::Default , BALL::PDBFile::Option
• parse_partial_charges_ : BALL::PDBFile
• parseAtomtypeTableFile_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• parseBinaryFingerprint() : BALL::BinaryFingerprintMethods
• parseColumnFormat() : BALL::LineBasedFile
• ParsedFunction() : BALL::ParsedFunction< arg >
• ParsedFunctionDialog() : BALL::VIEW::ParsedFunctionDialog
• ParseError() : BALL::Exception::ParseError
• parseLine() : BALL::PDBFile
• parseLine_() : BALL::VIEW::PyWidget
• parser_ : BALL::GAFFCESParser::CESPredicate
• parseRecordANISOU() : BALL::PDBFile
• parseRecordATOM() : BALL::PDBFile
• parseRecordAUTHOR() : BALL::PDBFile
• parseRecordCAVEAT() : BALL::PDBFile
• parseRecordCISPEP() : BALL::PDBFile
• parseRecordCOMPND() : BALL::PDBFile
• parseRecordCONECT() : BALL::PDBFile
• parseRecordCRYST1() : BALL::PDBFile
• parseRecordDBREF() : BALL::PDBFile
• parseRecordEND() : BALL::PDBFile
• parseRecordENDMDL() : BALL::PDBFile
• parseRecordEXPDTA() : BALL::PDBFile
• parseRecordFORMUL() : BALL::PDBFile
• parseRecordFTNOTE() : BALL::PDBFile
• parseRecordHEADER() : BALL::PDBFile
• parseRecordHELIX() : BALL::PDBFile
• parseRecordHET() : BALL::PDBFile
• parseRecordHETATM() : BALL::PDBFile
• parseRecordHETNAM() : BALL::PDBFile
• parseRecordHETSYN() : BALL::PDBFile
• parseRecordHYDBND() : BALL::PDBFile
• parseRecordJRNL() : BALL::PDBFile
• parseRecordKEYWDS() : BALL::PDBFile
• parseRecordLINK() : BALL::PDBFile
• parseRecordMASTER() : BALL::PDBFile
• parseRecordMODEL() : BALL::PDBFile
• parseRecordMODRES() : BALL::PDBFile
• parseRecordMTRIX1() : BALL::PDBFile
• parseRecordMTRIX2() : BALL::PDBFile
• parseRecordMTRIX3() : BALL::PDBFile
• parseRecordOBSLTE() : BALL::PDBFile
• parseRecordORIGX1() : BALL::PDBFile
• parseRecordORIGX2() : BALL::PDBFile
• parseRecordORIGX3() : BALL::PDBFile
• parseRecordREMARK() : BALL::PDBFile
• parseRecordREVDAT() : BALL::PDBFile
• parseRecordSCALE1() : BALL::PDBFile
• parseRecordSCALE2() : BALL::PDBFile
• parseRecordSCALE3() : BALL::PDBFile
• parseRecordSEQADV() : BALL::PDBFile
• parseRecordSEQRES() : BALL::PDBFile
• parseRecordSHEET() : BALL::PDBFile
• parseRecordSIGATM() : BALL::PDBFile
• parseRecordSIGUIJ() : BALL::PDBFile
• parseRecordSITE() : BALL::PDBFile
• parseRecordSLTBRG() : BALL::PDBFile
• parseRecordSOURCE() : BALL::PDBFile
• parseRecordSPRSDE() : BALL::PDBFile
• parseRecordSSBOND() : BALL::PDBFile
• parseRecordTER() : BALL::PDBFile
• parseRecordTITLE() : BALL::PDBFile
• parseRecordTURN() : BALL::PDBFile
• parseRecordTVECT() : BALL::PDBFile
• parsf1_ : BALL::Bruker2DFile
• parsf2_ : BALL::Bruker2DFile
• partial_charge : BALL::PDB::RecordATOM
• PartialBondOrderAssignment : BALL::AssignBondOrderProcessor , BALL::PartialBondOrderAssignment
• PartialChargeBase() : BALL::PartialChargeBase
• PartialChargeProcessor() : BALL::PartialChargeProcessor
• partitionInputData() : BALL::QSAR::QSARData
• partner1Chosen() : BALL::VIEW::DockDialog
• partner2Chosen() : BALL::VIEW::DockDialog
• partner_atom : BALL::PDB::RecordSLTBRG
• partner_residue : BALL::PDB::RecordSSBOND
• partner_type_to_htype_ : BALL::MMFF94AtomTyper
• past_the_end_ : BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >::IteratorTraits_
• paste() : BALL::VIEW::MolecularControl , BALL::VIEW::PyWidget
• paste_action_ : BALL::VIEW::MolecularControl
• paste_id_ : BALL::VIEW::MolecularControl
• pasteAllowedFor_() : BALL::VIEW::MolecularControl
• path() : BALL::FileSystem
• Path() : BALL::Path
• path_ : BALL::Path , BALL::SimpleDownloaderHelper::HelperThread
• path_array_ : BALL::Path
• path_array_valid_ : BALL::Path
• PATH_SEPARATOR : BALL::FileSystem
• PathStrings : BALL::PyInterpreter
• pause() : BALL::DockingAlgorithm
• pause_ : BALL::DockingAlgorithm
• pauseClicked() : BALL::VIEW::DockProgressDialog
• pauseRendering() : BALL::VIEW::RenderSetup
• Pb : BALL::Element
• PB() : BALL::PB
• pb_solver_ : BALL::PB
• pbcis_ : BALL::MMFF94ESParameters
• PBScoring() : BALL::PBScoring
• pbuf_ : BALL::LogStreamBuf
• PCMCavFreeEnergyProcessor() : BALL::PCMCavFreeEnergyProcessor
• pcount : BALL::TriangulatedSphere::Face
• PCRModel : BALL::QSAR::Model , BALL::QSAR::PCRModel
• Pd : BALL::Element
• PDB_atom_map_ : BALL::PDBFile
• PDB_FILE : BALL::VIEW::MolecularFileDialog
• pdb_id : BALL::PDB::AdditionalAtomInfo
• PDBAtom() : BALL::PDBAtom
• PDBAtomIteratorTraits() : BALL::PDBAtomIteratorTraits
• PDBAtomMap : BALL::PDBFile
• pdbDownloadChecked() : BALL::VIEW::DownloadElectronDensity
• PDBFile() : BALL::PDBFile
• PDBInfo() : BALL::PDBInfo
• PDBInfoEditorWidget() : BALL::VIEW::PDBInfoEditorWidget
• PDBRecords() : BALL::PDBRecords
• Peak() : BALL::Peak< PositionType >
• Peak_() : BALL::GeometricFit::Peak_
• peak_list_ : BALL::Experiment< PeakListType >
• peak_set_ : BALL::GeometricFit
• PeakList() : BALL::PeakList< PT >
• peaklist_ : BALL::CreateSpectrumProcessor
• peaks_ : BALL::ShiftModel1D , BALL::ShiftModel2D
• PeakType : BALL::Experiment< PeakListType > , BALL::PeakList< PT > , BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• peeling_order_ : BALL::RingAnalyser
• peelNextRing_() : BALL::RingAnalyser
• peelRings_() : BALL::RingAnalyser
• penalties_ : BALL::AssignBondOrderProcessor , BALL::FPTBondOrderStrategy
• penalty : BALL::FPTBondOrderStrategy::Assignment_
• Penalty : BALL::FPTBondOrderStrategy
• penalty_ : BALL::Constraint
• PENALTY_MOBILE : BALL::GeometricFit::Default , BALL::GeometricFit::Option
• PENALTY_STATIC : BALL::GeometricFit::Default , BALL::GeometricFit::Option
• penaltyOfNextSolution() : BALL::FPTBondOrderStrategy::DPBackTracking_ , BALL::FPTBondOrderStrategy::DPBackTrackingCombiner_
• pentakisDodecaeder() : BALL::TriangulatedSphere
• peptide_() : BALL::Peptides::PeptideBuilder
• PeptideBuilder() : BALL::Peptides::PeptideBuilder
• PeptideCapProcessor() : BALL::PeptideCapProcessor
• PeptideDialog() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• performRequiredUpdates_() : BALL::ForceField
• Period : BALL::Element
• periodic_boundary : BALL::ForceField
• PERIODIC_BOX_ADD_SOLVENT : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_DISTANCE : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_ENABLED : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_LOWER : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_SOLVENT_FILE : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_SOLVENT_SOLUTE_DISTANCE : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_BOX_UPPER : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PERIODIC_WATER_FILE : BALL::PeriodicBoundary::Default , BALL::PeriodicBoundary::Option
• PeriodicBoundary() : BALL::PeriodicBoundary
• periodicBoundaryClicked() : BALL::VIEW::AmberConfigurationDialog , BALL::VIEW::CharmmConfigurationDialog
• permutation : BALL::TreeWidthImplementation< EditableGraph >::QuickBB< Lowerbound, Upperbound >::QuickBBState
• PersistenceManager() : BALL::PersistenceManager
• PersistentObject() : BALL::PersistentObject
• persistentRead() : BALL::Atom , BALL::AtomContainer , BALL::Bond , BALL::Chain , BALL::Composite , BALL::CrystalInfo , BALL::Fragment , BALL::Molecule , BALL::NamedProperty , BALL::NucleicAcid , BALL::Nucleotide , BALL::PDBAtom , BALL::PDBInfo , BALL::PDBRecords , BALL::PersistentObject , BALL::Protein , BALL::Residue , BALL::SecondaryStructure , BALL::System , BALL::TVector2< T > , BALL::VIEW::Stage::Material
• persistentWrite() : BALL::Atom , BALL::AtomContainer , BALL::Bond , BALL::Chain , BALL::Composite , BALL::CrystalInfo , BALL::Fragment , BALL::Molecule , BALL::NamedProperty , BALL::NucleicAcid , BALL::Nucleotide , BALL::PDBAtom , BALL::PDBInfo , BALL::PDBRecords , BALL::PersistentObject , BALL::Protein , BALL::Residue , BALL::SecondaryStructure , BALL::System , BALL::TVector2< T > , BALL::VIEW::Stage::Material
• PERSPECTIVE : BALL::VIEW::Camera
• PharmacophoreConstraint : BALL::GridBasedScoring , BALL::PharmacophoreConstraint , BALL::ScoringFunction
• phase : BALL::AmberTorsion::SingleAmberTorsion , BALL::CharmmTorsion::SingleCharmmTorsion , BALL::CosineTorsion::SingleValues , BALL::QuadraticImproperTorsion::Values , BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• phe_pressed() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• phi_ : BALL::GeometricFit::RotationAngles_ , BALL::Peptides::AminoAcidDescriptor , BALL::ResidueRotamerSet
• phi_grid : BALL::FDPB
• PHI_MAX : BALL::GeometricFit::Default , BALL::GeometricFit::Option
• PHI_MIN : BALL::GeometricFit::Default , BALL::GeometricFit::Option
• phis_ : BALL::MMFF94ESParameters
• PHOSPHORUS : BALL::Element
• PI : BALL::Constant
• pi_ : BALL::PoseClustering
• pick_select_ : BALL::VIEW::PickingMode
• picking_mode_ : BALL::VIEW::GLRenderer
• PickingMode() : BALL::VIEW::PickingMode
• pickObject() : BALL::VIEW::RTfactRenderer
• pickObjects() : BALL::VIEW::GLRenderer , BALL::VIEW::Renderer , BALL::VIEW::RenderSetup , BALL::VIEW::RTfactRenderer , BALL::VIEW::Scene
• pickObjects1() : BALL::VIEW::GLRenderer
• pickObjects2() : BALL::VIEW::GLRenderer
• pickParent_() : BALL::VIEW::PickingMode , BALL::VIEW::Scene
• PIECEWISE_POLYNOMIAL : BALL::RDFSection
• PiecewiseFunction() : BALL::PiecewiseFunction
• PiecewisePolynomial() : BALL::PiecewisePolynomial
• PierottiCavFreeEnergyProcessor() : BALL::PierottiCavFreeEnergyProcessor
• pilp : BALL::MMFF94AtomType
• pixel_buffer_ : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget
• PixelFormat() : BALL::VIEW::PixelFormat
• pixmap_ : BALL::VIEW::CanvasWidget::PixmapItem
• PixmapItem() : BALL::VIEW::CanvasWidget::PixmapItem
• placePeptideBondH_() : BALL::AddHydrogenProcessor
• placeSubstituent_() : BALL::SDGenerator
• PLANAR_FRAMEBUFFER : BALL::VIEW::PixelFormat
• planarAtom_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• planBackward_ : BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• planCalculated_ : BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• PLANCK : BALL::Constant
• PLANE : BALL::VIEW::GridVisualisation
• plane_ : BALL::VIEW::SetClippingPlane
• plane_to_item_ : BALL::VIEW::GeometricControl
• PlaneMap : BALL::MMFF94PlaneParameters
• planForward_ : BALL::TFFT1D< ComplexTraits > , BALL::TFFT2D< ComplexTraits > , BALL::TFFT3D< ComplexTraits >
• PLATINUM : BALL::Element
• plot() : BALL::VIEW::DockableRegularData1DWidget , BALL::VIEW::DockableRegularData2DWidget , BALL::VIEW::SDWidget
• PLP() : BALL::PLP
• PLPScoring() : BALL::PLPScoring
• PLSModel() : BALL::QSAR::PLSModel
• pluginChanged() : BALL::VIEW::PluginDialog
• PluginDialog() : BALL::VIEW::PluginDialog
• PluginDirectoryModel() : BALL::VIEW::PluginDirectoryModel
• PluginDirMap : BALL::PluginManager
• PluginManager() : BALL::PluginManager
• PluginModel() : BALL::VIEW::PluginModel
• pluginsLoaded() : BALL::VIEW::PluginModel
• PLUMBUM : BALL::Element
• plus_ : BALL::DSN6File
• PLUTONIUM : BALL::Element
• Pm : BALL::Element
• Po : BALL::Element
• point : BALL::RSComputer::ProbePosition , BALL::SESSingularityCleaner::ProbeIntersection
• Point() : BALL::VIEW::Point
• point_ : BALL::SASVertex , BALL::SESTriangulator , BALL::SESVertex , BALL::TBox3< T > , BALL::TrianglePoint , BALL::VIEW::ClippingPlane , BALL::VIEW::GridVisualisation
• point_ptr_ : BALL::VIEW::Sphere
• pointer : BALL::BaseIterator< Container, DataType, Position, Traits > , BALL::BidirectionalIterator< Container, DataType, Position, Traits > , BALL::ForwardIterator< Container, DataType, Position, Traits > , BALL::HashSet< Key > , BALL::RandomAccessIterator< Container, DataType, Position, Traits > , BALL::String , BALL::TRegularData1D< ValueType > , BALL::TRegularData2D< ValueType > , BALL::TRegularData3D< ValueType > , BALL::VIEW::CompositeManager
• pointer_list_ : BALL::PersistenceManager
• pointer_map_ : BALL::PersistenceManager
• PointerList : BALL::PersistenceManager
• PointerMap : BALL::PersistenceManager
• PointerType : BALL::HashMap< Key, T > , BALL::HashSet< Key > , BALL::PyColorRGBAVector , BALL::PyCompositeList , BALL::PyDatasetVector , BALL::PyIndexList
• PointIterator : BALL::TriangulatedSurface
• points : BALL::VIEW::GridVisualisation
• points_ : BALL::TriangulatedSurface
• PointType : BALL::TContourLine< T > , BALL::TContourSurface< T >
• PointVector : BALL::RMSDMinimizer
• POL_ES_THRESHOLD : BALL::Polarity
• POLAK_RIBIERE : BALL::ConjugateGradientMinimizer
• POLAR : BALL::FresnoTypes , BALL::SLICKEnergy::Default , BALL::SLICKEnergy::Option , BALL::SLICKScore::Default , BALL::SLICKScore::Option
• POLAR_AVG : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_CHARGE_RULES : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_FOCUS_GRID_AROUND_LIGAND : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_GB : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_METHOD : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_OVERWRITE_CHARGES : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_OVERWRITE_RADII : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• POLAR_RADIUS_RULES : BALL::PolarSolvation::Default , BALL::PolarSolvation::Option
• Polarity() : BALL::Polarity
• PolarSolvation() : BALL::PolarSolvation
• PolarVdWSurface() : BALL::PolarVdWSurface
• POLONIUM : BALL::Element
• polymer_class : BALL::NMRStarFile::MonomericPolymer
• pool_ : BALL::SmartsMatcher
• pools_ : BALL::GeneticAlgorithm
• pop_back() : BALL::PDBRecords
• popRepresentationToUpdate() : BALL::VIEW::RepresentationManager
• populateContextMenu() : BALL::VIEW::EditMode , BALL::VIEW::InteractionMode , BALL::VIEW::InteractionModeManager , BALL::VIEW::MoveMode
• POPULATION : BALL::EvolutionaryDocking::Default , BALL::EvolutionaryDocking::Option
• POPULATION_NUMBER : BALL::EvolutionaryDocking::Default , BALL::EvolutionaryDocking::Option
• population_size_ : BALL::GeneticAlgorithm
• PopUpID : BALL::VIEW::MainControl
• port_ : BALL::TCPServer , BALL::VIEW::ServerWidget::BALLViewServer
• pos_C : BALL::HBondProcessor::ResidueData
• pos_H : BALL::HBondProcessor::ResidueData
• pos_N : BALL::HBondProcessor::ResidueData
• pos_O : BALL::HBondProcessor::ResidueData
• posbridges_ : BALL::SecondaryStructureProcessor
• PoseClustering() : BALL::PoseClustering
• PoseList : BALL::GridAnalysis
• PosePointer() : BALL::PoseClustering::PosePointer
• poses : BALL::PoseClustering::ClusterProperties
• poses_ : BALL::PoseClustering
• position : BALL::HMOFile::HMOCharge , BALL::MOL2File::AtomStruct , BALL::MOLFile::AtomStruct
• Position : BALL::Peak< PositionType > , BALL::PeakList< PT >
• position_ : BALL::Atom , BALL::Composite::CompositeIteratorTraits , BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant >::IteratorTraits_ , BALL::Enumerator< Container, SiteIterator, Variant > , BALL::HashSet< Key >::IteratorTraits , BALL::Peak< PositionType > , BALL::VIEW::LightSource
• position_data_size : BALL::TRRFile::TRRHeader
• POSITION_VALUE_NA : BALL::NMRStarFile
• POSITIONAL : BALL::VIEW::LightSource
• PositionColorProcessor() : BALL::VIEW::PositionColorProcessor
• PositionType : BALL::Spectrum< DataT, PeakT, PositionT >
• positionTypeChanged() : BALL::VIEW::LightSettings
• PositivePolarVdWSurface() : BALL::PositivePolarVdWSurface
• PositiveVdWSurface() : BALL::PositiveVdWSurface
• post_dock_optimization_ : BALL::DockProblem
• POST_OPTIMIZATION_STEP_WIDTH : BALL::IMGDock::Default , BALL::IMGDock::Option
• POST_OPTIMIZATION_STEPS : BALL::IMGDock::Default , BALL::IMGDock::Option
• Postcondition() : BALL::Exception::Postcondition
• postorder() : BALL::FPTBondOrderStrategy::DPBackTracking_ , BALL::GRAPH::PostOrderFolding< Tree, From, To, Functor >
• PostOrderFolding() : BALL::GRAPH::PostOrderFolding< Tree, From, To, Functor >
• postProcessAtomTypes_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• postprocessHelices_() : BALL::PDBFile
• postprocessRandomCoils_() : BALL::PDBFile
• postprocessSheetsTurns_() : BALL::PDBFile
• postprocessSSBonds_() : BALL::PDBFile
• POTASSIUM : BALL::Element
• Potential1210() : BALL::Potential1210
• potential_energy_ : BALL::SnapShot
• potential_grid_ : BALL::VIEW::FieldLineCreator
• pov_nr_ : BALL::VIEW::Scene
• POV_RENDERER : BALL::VIEW::RenderSetup
• POVColorRGBA() : BALL::VIEW::POVRenderer
• POVFinish() : BALL::VIEW::POVRenderer
• POVRenderer() : BALL::VIEW::POVRenderer
• POVVector3() : BALL::VIEW::POVRenderer
• PQ_Entry_ : BALL::AssignBondOrderProcessor
• Pr : BALL::Element
• PRASEODYMIUM : BALL::Element
• pre_translation_a_ : BALL::GeometricFit
• pre_translation_b_ : BALL::GeometricFit
• preassignPenaltyClasses_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• precalculateGrids() : BALL::GridBasedScoring
• PreciseTime() : BALL::PreciseTime
• PRECISION : BALL::BinaryFingerprintMethods::Default , BALL::BinaryFingerprintMethods::Option
• precision_ : BALL::TRRFile
• precisionBoxChanged() : BALL::VIEW::DisplayProperties
• precisionSliderChanged() : BALL::VIEW::DisplayProperties
• precomputeAtomBijection_() : BALL::PoseClustering
• precomputeAtomProperties_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• precomputeBondLengthPenalties_() : BALL::AssignBondOrderProcessor
• precomputeBondProperties_() : BALL::GAFFTypeProcessor
• preComputeBonds_() : BALL::HBondProcessor
• Precondition() : BALL::Exception::Precondition
• predecessor() : BALL::RingAnalyser::Ring
• predicate : BALL::ExpressionParser::SyntaxTree
• predicate_ : BALL::CompositeIteratorTraits , BALL::ExpressionTree
• predict() : BALL::QSAR::ALLModel , BALL::QSAR::GPModel , BALL::QSAR::KernelModel , BALL::QSAR::LDAModel , BALL::QSAR::LinearModel , BALL::QSAR::LogitModel , BALL::QSAR::Model , BALL::QSAR::NBModel , BALL::QSAR::SNBModel
• predicted_affinities_ : BALL::Rescoring
• PREDICTION_METHOD : BALL::HBondProcessor::Default , BALL::HBondProcessor::Option
• PredictionConfiguration() : BALL::QSAR::PredictionConfiguration
• predictions : BALL::ScoringOptimizer::Result
• Preferences() : BALL::VIEW::Preferences
• preferences_ : BALL::VIEW::DisplayProperties , BALL::VIEW::PyWidget
• preferences_action_ : BALL::VIEW::MainControl
• preferences_dialog_ : BALL::VIEW::MainControl
• preferences_file_ : BALL::VIEW::MainControl
• PreferencesEntry() : BALL::VIEW::PreferencesEntry
• PreferencesObject() : BALL::PreferencesObject
• prefix : BALL::LogStreamBuf::StreamStruct
• prefix_ : BALL::RuleEvaluator , BALL::VIEW::DownloadPDBFile
• preorder() : BALL::FPTBondOrderStrategy::DPBackTracking_ , BALL::GRAPH::PostOrderFolding< Tree, From, To, Functor >
• prepare() : BALL::StructurePreparer
• prepare_() : BALL::SDGenerator
• prepareBufferedRendering() : BALL::VIEW::BufferedRenderer , BALL::VIEW::CudaVolumeRenderer , BALL::VIEW::RTfactRenderer
• prepareGridTextures() : BALL::VIEW::RenderSetup , BALL::VIEW::Scene
• prepareRendering() : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget , BALL::VIEW::RenderTarget , BALL::VIEW::TRenderWindow< taPixelDatatype >
• prepareUpscaling() : BALL::VIEW::GLOffscreenTarget
• prepend() : BALL::AtomContainer , BALL::Chain , BALL::Molecule , BALL::Nucleotide , BALL::Residue , BALL::SecondaryStructure , BALL::System
• prependChild() : BALL::Composite
• pres_size : BALL::TRRFile::TRRHeader
• PRESSURE : BALL::PierottiCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::PierottiCavFreeEnergyProcessor::Option , BALL::ReissCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::ReissCavFreeEnergyProcessor::Option
• prev_shift_val_ : BALL::ShiftedLVMMMinimizer
• primitive_manager_ : BALL::VIEW::MainControl
• PrincipalMomentOfInertia() : BALL::PrincipalMomentOfInertia
• PrincipalMomentOfInertiaX() : BALL::PrincipalMomentOfInertiaX
• PrincipalMomentOfInertiaY() : BALL::PrincipalMomentOfInertiaY
• PrincipalMomentOfInertiaZ() : BALL::PrincipalMomentOfInertiaZ
• print() : BALL::VIEW::PixelFormat
• print_expected : BALL::QSAR::PredictionConfiguration
• PRINT_TIMING : BALL::FDPB::Default , BALL::FDPB::Option
• printAPS() : BALL::GAFFCESParser::APSMatcher
• printCluster_() : BALL::PoseClustering
• printClusters() : BALL::PoseClustering
• printClusterScores() : BALL::PoseClustering
• printCursorPosition_() : BALL::VIEW::PyWidget
• printEnergy() : BALL::EnergyMinimizer
• printFragments() : BALL::IMGDock
• printHelp() : BALL::CommandlineParser
• printMatrix() : BALL::QSAR::QSARData , BALL::ScoringOptimizer
• printResult() : BALL::GridBasedScoring , BALL::ScoringFunction
• printResults() : BALL::IMGDock
• printScene() : BALL::VIEW::Scene
• printSelectionInfos() : BALL::VIEW::MainControl
• printToolInfo() : BALL::CommandlineParser
• printUCK() : BALL::UCK
• printVariables_() : BALL::PoseClustering
• priority_queue_ : BALL::FPTBondOrderStrategy::DPBackTrackingCombiner_
• pro_pressed() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• probabilities_ : BALL::GeneticAlgorithm
• probe_group_ : BALL::GridAnalysis
• probe_intersections_ : BALL::SESSingularityCleaner
• PROBE_LAYER_RADIUS : BALL::BindingPocketProcessor::Default , BALL::BindingPocketProcessor::Option
• probe_positions_ : BALL::RSComputer
• PROBE_RADIUS : BALL::FDPB::Default , BALL::FDPB::Option , BALL::NonpolarSolvation::Default , BALL::NonpolarSolvation::Option , BALL::NumericalSAS::Default , BALL::NumericalSAS::Option , BALL::PCMCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::PCMCavFreeEnergyProcessor::Option , BALL::PierottiCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::PierottiCavFreeEnergyProcessor::Option , BALL::ReissCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::ReissCavFreeEnergyProcessor::Option , BALL::UhligCavFreeEnergyProcessor::Default , BALL::UhligCavFreeEnergyProcessor::Option
• probe_radius_ : BALL::ReducedSurface , BALL::SurfaceProcessor
• PROBE_SPHERE_RADIUS : BALL::BindingPocketProcessor::Default , BALL::BindingPocketProcessor::Option
• PROBE_SPHERE_RADIUS_HYDROGEN_FREE : BALL::BindingPocketProcessor::Default , BALL::BindingPocketProcessor::Option
• probeRadiusChanged() : BALL::VIEW::ModelSettingsDialog
• ProbeStatus : BALL::RSComputer
• proceed() : BALL::DockingAlgorithm
• processEvent_() : BALL::VIEW::TestFramework
• processEvents() : BALL::VIEW::MainControl
• processMoveModeMouseEvents_() : BALL::VIEW::MoveMode
• processMultiMoleculeFile() : BALL::DockingAlgorithm
• processor_ : BALL::VIEW::AtomOverview
• processRotateModeMouseEvents_() : BALL::VIEW::RotateMode
• prod_ : BALL::DSN6File
• Product() : BALL::Product< First, Second, DataType >
• progress_bar_ : BALL::VIEW::DownloadElectronDensity , BALL::VIEW::DownloadPDBFile
• project_ : BALL::VIEW::HelpViewer , BALL::VIEW::ShowHelpMessage
• project_target_to_ring_plane_ : BALL::HaighMallionShiftProcessor
• projection_mode_ : BALL::VIEW::Camera
• ProjectionMode : BALL::VIEW::Camera
• projectionModeChanged() : BALL::VIEW::RenderSetup , BALL::VIEW::Scene
• prolineActivated() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• prolineDeactivated() : BALL::VIEW::PeptideDialog
• PROMETHIUM : BALL::Element
• PropDeleteWidget() : BALL::VIEW::PropDeleteWidget
• PropEditorWidget() : BALL::VIEW::PropEditorWidget
• Properties : BALL::VIEW::Representation
• properties_ : BALL::FPTBondOrderStrategy::FPTBondOrderAssignment_ , BALL::SmartsParser::SPAtom
• properties_real_ : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• properties_string_ : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• PropertiesForShift_() : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor::PropertiesForShift_
• Property : BALL::Atom , BALL::AtomContainer , BALL::Bond , BALL::Chain , BALL::Fragment , BALL::Molecule , BALL::NucleicAcid , BALL::Nucleotide , BALL::PDBAtom , BALL::Protein , BALL::Residue , BALL::SDGenerator , BALL::SmartsParser::SPAtom::Property
• PROPERTY__3_PRIME : BALL::Nucleotide
• PROPERTY__5_PRIME : BALL::Nucleotide
• PROPERTY__ALWAYS_FRONT : BALL::VIEW::Representation
• PROPERTY__AMINO_ACID : BALL::Residue
• PROPERTY__ANISOTROPY_SHIFT : BALL::AnisotropyShiftProcessor
• PROPERTY__C_TERMINAL : BALL::Residue
• PROPERTY__CYCLIC : BALL::Residue
• PROPERTY__EF_SHIFT : BALL::EFShiftProcessor
• PROPERTY__EHS_SHIFT : BALL::EmpiricalHSShiftProcessor
• PROPERTY__EXPERIMENTAL__SHIFT : BALL::ShiftModule
• PROPERTY__HAS_SSBOND : BALL::Residue
• PROPERTY__HBOND_SHIFT : BALL::HBondShiftProcessor
• PROPERTY__HETATM : BALL::PDBAtom
• PROPERTY__IS_COORDINATE_SYSTEM : BALL::VIEW::Representation
• PROPERTY__N_TERMINAL : BALL::Residue
• PROPERTY__NON_STANDARD : BALL::Residue
• PROPERTY__NUCLEOTIDE : BALL::Nucleotide
• PROPERTY__RANDOM_COIL_SHIFT : BALL::RandomCoilShiftProcessor
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• protein_ : BALL::Rescoring1D , BALL::VIEW::PeptideDialog
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• ProteinIndex : BALL::GeometricFit
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