Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- e -

• E : ImmoniumIonsInPeptide
• E_wrt_h() : EmgGradientDescent
• E_wrt_mu() : EmgGradientDescent
• E_wrt_sigma() : EmgGradientDescent
• E_wrt_tau() : EmgGradientDescent
• edge : ACNode, TOPPASVertex::VertexRoundPackage
• edge_ : TOPPASIOMappingDialog
• edge_being_created_ : TOPPASVertex
• edge_t : IDBoostGraph
• EdgeContainer : TOPPASScene, TOPPASVertex
• EdgeIterator : TOPPASScene, TOPPASVertex
• edges_ : TOPPASScene
• edgesBegin() : TOPPASScene
• edgesEnd() : TOPPASScene
• EdgeStatus : TOPPASEdge
• edit() : ParamTree
• editable_ : BaseVisualizerGUI, MetaDataBrowser
• editCurrentItem() : InputFileList
• editMetadata() : TOPPViewBase
• editor_ : INIFileEditorWindow, ToolsDialog, TOPPASToolConfigDialog
• editParam() : TOPPASToolVertex
• editText() : Annotation1DItem
• EDTA : FileTypes
• EDTAFile() : EDTAFile
• ef_ : AdductInfo
• efficient_replace_and_optimise() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• EGHTraceFitter() : EGHTraceFitter
• EGHTraceFunctor() : EGHTraceFitter::EGHTraceFunctor
• EgmFitterFunctor() : EmgFitter1D::EgmFitterFunctor
• EIGHTPLEX : ItraqConstants
• EINZEL_LENS : Instrument
• ELECTROMAGNETIC_RADIATION_CHROMATOGRAM : ChromatogramSettings
• ELECTRON_MASS_IN_U : IMSElement
• Element() : Element
• element_1_ : FuzzyStringComparator
• element_2_ : FuzzyStringComparator
• element_path_ : CVMappingRule
• element_type : IMSAlphabet
• ElementDB() : ElementDB
• ElementMapping : QTClusterFinder
• ElementNotFound() : ElementNotFound
• Elements : QTCluster
• elements_ : FeatureFindingMetabo, IMSAlphabet, IMSAlphabetTextParser
• elementsFromString_() : FeatureFindingMetabo
• eluents_ : Gradient, GradientVisualizer
• elution_model_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• elution_model_fit_score : OpenSwath_Scores
• elutionModelFit() : EmgScoring
• ElutionModelFitter() : ElutionModelFitter
• ElutionPeakDetection() : ElutionPeakDetection
• email : MzTabContactMetaData
• email_ : ContactPerson, ContactPersonVisualizer
• EMC : InstrumentSettings
• emg_ : PeakIntegrator
• emg_const : EmgFitter1D::EgmFitterFunctor
• emg_gd_ : EmgGradientDescent_friend
• emg_point() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• EmgFitter1D() : EmgFitter1D
• EmgGradientDescent() : EmgGradientDescent
• EmgGradientDescent_friend : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• EmgModel() : EmgModel
• EMGPreProcess_() : PeakIntegrator
• EmgScoring() : EmgScoring
• emgscoring_ : MRMFeatureFinderScoring
• EMISSION : InstrumentSettings
• EMISSION_CHROMATOGRAM : ChromatogramSettings
• emitAboutToBeDestroyed() : SignalProvider
• emitChanged() : TOPPASEdge
• emitToolStarted() : TOPPASToolVertex
• empirical_formula_ : AccurateMassSearchResult
• EmpiricalFormula() : EmpiricalFormula
• emplace() : ExposedVector< VectorElement >
• emplace_back() : DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• empty() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence, CalibrationData, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, CVTermList, CVTermListInterface
• EMPTY : DataValue
• empty() : DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >, File, FlagSet< ENUM >, FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities, HashGrid< Cluster >, IdentificationData, IMSIsotopeDistribution, DIntervalBase< D >, LayerStack, BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSExperiment, NASequence, OnDiscMSExperiment, Param
• EMPTY : ParamValue
• empty() : PeakGroup, PeptideIdentification, QCBase::SpectraMap, SpectrumLookup
• EMPTY : String, VersionInfo::VersionDetails
• empty_channels : IsobaricQuantifierStatistics
• empty_features : Contaminants::ContaminantsSummary
• empty_list_ : TOPPASResources
• empty_rows_ : MzTab, MzTabM
• EMPTY_VALUE : DataValue, ParamValue
• EMR : InstrumentSettings
• EMULSION : Sample
• enable : Colorizer::ColorWithUndo_
• enable_() : ToolsDialog
• enable_binarization : LPWrapper::SolverParam
• enable_clq_cuts : LPWrapper::SolverParam
• enable_cov_cuts : LPWrapper::SolverParam
• enable_feas_pump_heuristic : LPWrapper::SolverParam
• enable_gmi_cuts : LPWrapper::SolverParam
• enable_intensity_filter_ : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• enable_mir_cuts : LPWrapper::SolverParam
• enable_presolve : LPWrapper::SolverParam
• enable_RT_filtering_ : FeatureFindingMetabo
• enable_uis_scoring_ : OpenSwathOSWWriter
• enableAction() : TOPPViewMenu::ActionRequirement_
• enableFeatureNumber() : Plot2DGoToDialog
• enableLogging_() : TOPPBase
• encloses() : _Region< __K, _Val, _SubVal, _Acc, _Cmp >, ConvexHull2D, DBoundingBox< D >, DRange< D >, Feature
• encode() : Base64
• encodeAAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeIntegers() : Base64
• encodeNAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeNP() : MSNumpressCoder
• encodeNPRaw() : MSNumpressCoder
• encoder_ : Base64
• encodeStrings() : Base64
• end() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence, AnnotatedMSRun, CalibrationData, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, DPosition< D, TCoordinateType >, EmpiricalFormula, ExposedVector< VectorElement >, FeatureFinderIdentificationAlgorithm::RTRegion, HashGrid< Cluster >, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param, IsotopeDistribution, MassTrace, MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >, Histogram< ValueType, BinSizeType >, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment, MSSpectrum::Chunk, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPSMSectionRow, NASequence, Param, PeakGroup, RibonucleotideDB, ScanWindow, TextFile, XCorrArrayType
• end_ : GUIProgressLoggerImpl, PeptideEvidence, ScanWindowVisualizer
• end_peak_ : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param
• end_point_ : Annotation1DDistanceItem
• end_pos : ParentMatch
• end_position_at_10 : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• end_position_at_5 : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• end_position_at_50 : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• end_scan_ : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param
• endElement() : CVMappingFile, IdXMLFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, MascotXMLHandler, MzDataHandler, MzIdentMLHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, ParamXMLHandler, PTMXMLHandler, SemanticValidator, ToolDescriptionHandler, TraMLHandler, UnimodXMLHandler, XMLHandler, XQuestResultXMLHandler, OMSSAXMLFile, PepXMLFile, PepXMLFileMascot, ProtXMLFile, QcMLFile, XTandemXMLFile
• endEnzyme() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• endians_ : MzDataHandler
• EndParsingSoftly() : XMLHandler::EndParsingSoftly
• endPos() : TOPPASEdge
• endProgress() : GUIProgressLoggerImpl, ProgressLogger, ProgressLogger::ProgressLoggerImpl
• endRun_() : MascotRemoteQuery
• enforced_encoding_ : XMLFile
• enforceEncoding_() : XMLFile
• engine_ : ProteinIdentificationVisualizer
• engine_version_ : ProteinIdentificationVisualizer
• EnhancedTabBar() : EnhancedTabBar
• EnhancedTabBarWidgetInterface() : EnhancedTabBarWidgetInterface
• EnhancedWorkspace() : EnhancedWorkspace
• enlarge() : DBoundingBox< D >
• enqueueProcess() : TOPPASScene
• ensureAnnotationsWithinDataRange_() : Plot1DCanvas
• ensureConvexHulls_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• ensureLastChar() : String
• ensureMapsAreFilled_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• ensureMinSpan() : DRange< D >
• ensureUniqueId() : UniqueIdInterface
• ensureWithinDataRange() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DDistanceItem, Annotation1DItem, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem
• enterEvent() : PlotCanvas, TOPPASTreeView, TOPPASWidget
• entirePipelineFinished() : TOPPASScene
• entityClicked() : DIATreeTab
• entityDoubleClicked() : DIATreeTab
• entries : Param::ParamNode
• entries_ : MzTabDoubleList, MzTabIntegerList, MzTabModificationList, MzTabStringList
• entries_read_ : FASTAFile
• EntryIterator : Param::ParamNode
• enumerateCrossLinksAndMasses() : OPXLHelper
• enumToName() : MZTrafoModel
• EnzymaticDigestion() : EnzymaticDigestion
• enzyme : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• enzyme_ : EnzymaticDigestion, InspectInfile, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, PepXMLFile, ProteinIdentificationVisualizer, SimpleSearchEngineAlgorithm
• enzyme_cuttingsite_ : PepXMLFile
• enzyme_info_ : SequestInfile
• enzyme_name_ : OpenPepXLAlgorithm, PeptideIndexing
• enzyme_names_ : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• enzyme_number_ : SequestInfile
• enzyme_regex_ : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• enzyme_specificity_ : PeptideIndexing
• enzyme_term_specificity : DBSearchParam, ProteinIdentification::SearchParameters
• EnzymeIterator : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• enzymes : XQuestResultXMLHandler
• enzymes_db_ : XQuestResultXMLHandler
• eol_ : CSVWriter
• ep_ : ExternalProcessMBox, FLASHDeconvTabWidget, SwathTabWidget
• epsilon : OpenSearchModificationAnalysis::FuzzyDoubleComparator
• EPSILON_COEFS_ : EGHTraceFitter
• EQUAL : DataFilters
• equal_() : XMLHandler
• equal_type : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• erase() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >, IMSAlphabet, Mobilogram
• erase_exact() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• eraseMinDistance_() : GridBasedClustering< Metric >
• err : MorpheusScore::Result, NuXLAnnotatedHit
• err_ppm : MorpheusScore::Result
• error() : XMLHandler, XMLValidator
• error_ : NetworkGetRequest
• error_message_ : MascotRemoteQuery
• error_name_ : DefaultParamHandler
• error_occured_ : TOPPASScene
• error_on_unmapped_ : MRMMapping
• error_streams_ : LogConfigHandler
• error_string_ : NetworkGetRequest
• errorIfAlreadyExists() : ExperimentalDesign
• errors_ : SemanticValidator, PepXMLFile::AminoAcidModification
• ErrorUnit : XTandemInfile
• ertable_ : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• ES_FILE_EXT_MISMATCH : TOPPASEdge
• ES_MERGER_EXT_MISMATCH : TOPPASEdge
• ES_MERGER_WITHOUT_TOOL : TOPPASEdge
• ES_NO_SOURCE_PARAM : TOPPASEdge
• ES_NO_TARGET_PARAM : TOPPASEdge
• ES_NOT_READY_YET : TOPPASEdge
• ES_TOOL_API_CHANGED : TOPPASEdge
• ES_UNKNOWN : TOPPASEdge
• ES_VALID : TOPPASEdge
• ESA : MassAnalyzer
• ESCAPE : String
• escapeXML() : ParamCTDFile
• estimate_() : SignalToNoiseEstimator< Container >
• estimate_fixed_point : MSNumpressCoder::NumpressConfig
• estimateBackground() : PeakIntegrator
• estimateBackground_() : PeakIntegrator
• EstimateBackgroundInterferences() : MRMFeatureFilter
• estimated_im_window_ : OpenSwathCalibrationWorkflow
• estimated_ms1_im_window_ : OpenSwathCalibrationWorkflow
• estimated_ms1_mz_window_ : OpenSwathCalibrationWorkflow
• estimated_mz_window_ : OpenSwathCalibrationWorkflow
• EstimateDefaultMRMFeatureQCValues() : MRMFeatureFilter
• estimateEmgParameters() : EmgGradientDescent
• estimateForFragmentFromDNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromPeptideWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromPeptideWeightAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromRNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromDNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromMonoWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFromPeptideMonoWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromPeptideWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromPeptideWeightAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromRNAMonoWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromRNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFromWeightAndCompAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFWHM() : MassTrace
• estimateMedianChromatographicFWHM() : DDAWorkflowCommons
• estimateNoise() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• EstimatePercRSD() : MRMFeatureFilter
• estimateRTRange() : OpenSwathHelper
• estimateType() : PeakTypeEstimator
• estimateWindow() : SwathMapMassCorrection, TransformationDescription
• EuclideanSimilarity() : EuclideanSimilarity
• eval() : BSpline2d, CubicSpline2d, GaussFitter, GaussFitter::GaussFitResult, GumbelDistributionFitter::GumbelDistributionFitResult, QuadraticRegression, SplineInterpolatedPeaks::Navigator, SplinePackage, TransformationModelInterpolated::Interpolator
• evaluate() : GridSearch< TupleTypes >, MapAlignmentEvaluationAlgorithm, MapAlignmentEvaluationAlgorithmPrecision, MapAlignmentEvaluationAlgorithmRecall, TransformationModel, TransformationModelBSpline, TransformationModelInterpolated, TransformationModelLinear, TransformationModelLowess
• event() : QApplicationTOPP
• eventFilter() : ParamEditorDelegate
• evidence : ConsensusIDAlgorithm::HitInfo, Peptide
• evidence_input_id : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow
• EX_BSPLINE : TransformationModelBSpline
• EX_CONSTANT : TransformationModelBSpline
• EX_GLOBAL_LINEAR : TransformationModelBSpline
• EX_LINEAR : TransformationModelBSpline
• examine_edge() : IDBoostGraph::dfs_ccsplit_visitor
• exception : Summary
• exclude_targets_ : TargetedExperiment
• excluded_mass_bins_for_decoy_runs_ : SpectralDeconvolution
• excluded_masses_ : SpectralDeconvolution
• excluded_masses_for_decoy_runs_ : SpectralDeconvolution
• excluded_peak_masses_for_decoy_runs_ : SpectralDeconvolution
• EXE : FileTypes
• exe : Command
• execQuery() : MascotRemoteQuery
• executable() : File
• executeBindStatement() : SqliteConnector
• executeStatement() : SqliteConnector
• EXECUTION_OK : OpenPepXLAlgorithm, PeptideIndexing, TOPPBase, XFDRAlgorithm
• executionFinished() : TOPPASToolVertex
• exist() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >, MassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• exists() : ControlledVocabulary
• EXISTS : DataFilters
• exists() : File, IDFilter::GetMatchingItems< HitType, Entry >, MetaInfo, MultiGradient, Param
• existsRun() : QcMLFile
• existsRunQualityParameter() : QcMLFile
• existsSet() : QcMLFile
• existsSetQualityParameter() : QcMLFile
• ExitCodes : OpenPepXLAlgorithm, PeptideIndexing, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm, TOPPBase, XFDRAlgorithm
• exp_ : MzDataHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, TraMLHandler, MSDataStoringConsumer
• exp_blacklist_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• exp_centroid_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• exp_centroided_ : MultiplexFiltering
• exp_centroided_mapping_ : MultiplexFiltering
• exp_centroided_white_ : MultiplexFiltering
• exp_mass_to_charge : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeFeatureSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• exp_name_ : PepXMLFile
• exp_profile_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• exp_spline_profile_ : MultiplexFilteringProfile
• expandAll() : TOPPASTreeView
• expandPrefix_() : LogStreamBuf
• expandToBoundingBox() : ConvexHull2D
• expected_size_ : FeatureXMLHandler
• expectList_() : XMLHandler
• experiment_label_ : PepXMLFile
• experiment_type_ : ConsensusMap
• experimental_design_ : PeptideAndProteinQuant
• experimental_design_id : InputFile
• experimental_mass_to_charge_ : IdentificationHit
• ExperimentalDesign() : ExperimentalDesign
• ExperimentalSettings() : ExperimentalSettings
• ExperimentalSettingsVisualizer() : ExperimentalSettingsVisualizer
• ExperimentSharedPtrType : LayerDataDefs, Plot2DWidget, PlotCanvas, TOPPViewBase, TVControllerBase
• ExperimentType : LayerDataDefs, PlotCanvas, PlotWidget, TOPPViewBase, TVControllerBase
• explained_peak_fraction : NuXLAnnotatedHit
• explanations_ : MassExplainer
• exponent : FeatureDistance::DistanceParams_
• EXPONENTIAL : MassAnalyzer
• export_all_psms_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• export_decoys_ : MascotRemoteQuery
• export_empty_pep_ids_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• export_order_by_ : OMSFileLoad
• export_subfeatures_ : MzTab::CMMzTabStream
• export_unidentified_features_ : MzTab::CMMzTabStream
• exportAsImage() : TOPPASBase
• exportAttachment() : QcMLFile
• exportConsensusIDs() : IdentificationDataConverter
• exportConsensusMapToMzTab() : MzTab
• exportDBSearchParameters_() : IdentificationDataConverter
• exportEntries() : TableView
• exportFeatureIDs() : IdentificationDataConverter
• exportFeatureMap() : MQEvidence, MQMsms
• exportFeatureMapToMzTab() : MzTab
• exportFeatureMapToMzTabM() : MzTabM
• exportHeader_() : MQEvidence, MQMsms
• exportIdentificationsToMzTab() : MzTab
• exportIDs() : IdentificationDataConverter
• exportIDstats() : QcMLFile
• exportMSRunInformation_() : IdentificationDataConverter
• exportMzTab() : IdentificationDataConverter
• exportMzTab_() : AccurateMassSearchEngine, MetaboliteSpectralMatching
• exportMzTabM_() : AccurateMassSearchEngine
• exportObservationMatchToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportParentMatches() : IdentificationDataConverter
• exportParentSequenceToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportPeptideOrOligoToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportQP() : QcMLFile
• exportQPs() : QcMLFile
• exportRowFromFeature_() : MQEvidence, MQMsms
• exportStepsAndScoresToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportTableToJSON_() : OMSFileLoad
• exportToJSON() : OMSFileLoad, OMSFile
• ExposedVector() : ExposedVector< VectorElement >
• extend() : DRange< D >, RangeBase, RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• extendClustersY() : GridBasedClustering< Metric >
• ExtendedIsotopeFitter1D() : ExtendedIsotopeFitter1D
• ExtendedIsotopeModel() : ExtendedIsotopeModel
• extendIntensity() : RangeIntensity
• extendLeftRight() : RangeBase
• extendMassTrace_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• extendMassTraces_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• extendMobility() : RangeMobility
• extendMZ() : RangeMZ, SpectrumRangeManager
• extendRT() : RangeRT, SpectrumRangeManager
• extendUnsafe() : RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• external_details : ToolDescription
• external_id_handler_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• external_peptide_map_ : FFIDAlgoExternalIDHandler
• EXTERNAL_PROGRAM_ERROR : TOPPBase
• EXTERNAL_PROGRAM_NOTFOUND : TOPPBase
• external_study_uri : MzTabMMetaData
• external_uri : MzTabMAssayMetaData
• ExternalChargeMap : FFIDAlgoExternalIDHandler
• ExternalExecutableNotFound() : ExternalExecutableNotFound
• ExternalPeptideMap : FFIDAlgoExternalIDHandler
• ExternalProcess() : ExternalProcess
• ExternalProcessMBox() : ExternalProcessMBox
• ExternalRTMap : FFIDAlgoExternalIDHandler
• extra_rt_extract : ChromExtractParams
• extract_columnname_to_columnindex() : SiriusFragmentAnnotation
• extract_id_() : ChromatogramExtractor
• extract_value_tophat() : ChromatogramExtractorAlgorithm
• extractAnalysisResultsFromMetaValues_() : PeptideHit
• extractAndResolveSiriusAnnotations() : SiriusFragmentAnnotation
• extractAndTransformScores() : PosteriorErrorProbabilityModel
• extractAnnotationsFromSiriusFile() : SiriusFragmentAnnotation
• extractChannels() : IsobaricChannelExtractor
• extractChromatograms() : ChromatogramExtractor, ChromatogramExtractorAlgorithm
• extractComponents_() : AbsoluteQuantitation
• extractCompoundRankingAndFilename_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractCompoundRankingAndScore_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractConcatMIDsFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractConcatNativeIDsFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractCoverageStrings() : TVIdentificationViewController
• extractDateTime_() : XQuestResultXMLHandler
• extractDouble() : StringUtilsHelper
• extractFeatureIDFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractFloatValues_() : PeakPickerMobilogram
• extractGeneName() : MQExporterHelper
• extractIndexPairsFromBrackets_() : MzTabFile
• extractInt() : StringUtilsHelper
• extractIntensities() : IonMobilityScoring
• extractIntensityVectors() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• extractIntValues_() : PeakPickerMobilogram
• extraction_function : ChromExtractParams
• ExtractionCoordinates : ChromatogramExtractor
• extractIonMobilityTraces() : PeakPickerIM
• extractLabelSet() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• extractMarkerIons() : NuXLMarkerIonExtractor
• extractMetaboTargetedAssay() : MetaboTargetedAssay
• extractMetaboTargetedAssayFragmentAnnotation() : MetaboTargetedAssay
• extractModificationList() : MzTab
• extractNumberOfSubSamples_() : MzTabFile
• extractNumFromAccession_() : SpectraIDViewTab
• extractNumPeptides_() : MzTabFile
• extractNumPeptidesDistinct_() : MzTabFile
• extractNumPeptidesUnambiguous_() : MzTabFile
• extractParamsFromLine_() : MRMFeaturePickerFile
• extractPeaks() : FIAMSDataProcessor
• extractPeptideModifications_() : MzTabFile
• extractPeptideSequences() : IDFilter
• extractPrecursorIsotopePattern_() : SiriusMSFile
• extractProteinAccession_() : MzTabFile
• extractProteinAccessionsSet() : PeptideHit
• extractQueryResults_() : AccurateMassSearchEngine
• extractRunFromLine_() : AbsoluteQuantitationStandardsFile
• extractScanNumber() : SpectrumLookup
• extractScore_() : DBSuitability
• extractSearchAdapterInfoFromMetaValues_() : DBSuitability
• extractSeqAndRt_() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• extractSingleSpec() : IsobaricChannelExtractor
• extractSpectra() : TargetedSpectraExtractor
• extractTrainingSet() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• extractTransformations_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• extractUnassignedProteins() : IDFilter
• extractXICs() : MSExperiment
• extractXICsFromMatrix() : MSExperiment
• extrapolate_ : TransformationModelBSpline